Onderzoeker
Filip Van Nieuwerburgh
- Trefwoorden:Massively parallel sequencing, Toegepaste bio-informatica
- Disciplines:Farmogenetica en -genomica, Genetica, Epigenetica, Immunogenetica
Affiliaties
- Vakgroep Geneesmiddelenleer (Departement)
Lid
Vanaf1 sep 1999 → Heden
Infrastructuur
1 - 1 van 1
- PromethION: nanopore sequencer met hoge doorvoer voor DNA en RNA sequenering met lange leeslengte. (Consortium coordinator)
Projecten
1 - 10 of 26
- Ontrafelen van de rol van het immuunsysteem bij de ontwikkeling van hypergranulatieweefsel in wonden bij paardenVanaf1 jan 2024 → HedenFinanciering: BOF - doctorale mandaten
- Extracellulaire vesikels uit het follikelvocht zijn sleutelfactoren voor een betere ontwikkeling van verse en gevitrificeerde eicellen bij het paardVanaf16 okt 2023 → HedenFinanciering: BOF - postdoctorale mandaten
- qPCR systeem voor kwaliteitscontrole van NGS staalvoorbereiding, meting van genexpressie, hybridisatiecurve, en smeltcurve analyseVanaf15 dec 2022 → HedenFinanciering: BOF - wetenschappelijk apparatuurprogramma
- Cofinanciering kernfaciliteit - Gent Licht Microscopie (GLiM)Vanaf1 jul 2022 → HedenFinanciering: BOF - onderzoeksorganisaties
- Cofinanciering core facility - UGent NGS CoreVanaf1 jul 2022 → HedenFinanciering: BOF - onderzoeksorganisaties
- Modulaire high-end massaspectrometer voor ultragevoelige kwantificatie en beeldvorming van kleine organische moleculen in cross-health onderzoek - MSsmall-XHVanaf1 mei 2022 → HedenFinanciering: FWO Middelzware apparatuur
- Empirische exploratie van nieuwe DNA probes voor hybridisatie met tandem repeatsVanaf1 nov 2021 → HedenFinanciering: FWO Strategische Onderzoeksbeurs
- Nanopore-sequencing van complete farmacogenen na CRISPR/Cas9-verrijking bij tamoxifen- en clopidogrel-patiënten, waardoor verbeterde haplotypering en voorspelling van de werkzaamheid met machine learning mogelijk is.Vanaf1 okt 2021 → HedenFinanciering: BOF - doctorale mandaten
- PEA histon modificatie proteomicsVanaf1 mrt 2021 → 31 dec 2023Financiering: IOF - technologie validatie in labo
- Stimulated emission depletion microscopy (STED): Nanoscopie voor innovatief onderzoek in de levenswetenschappenVanaf1 mei 2020 → HedenFinanciering: FWO Middelzware apparatuur
Publicaties
1 - 10 van 274
- Applications of nanopore sequencing for forensic analysis(2024)
Auteurs: Olivier Tytgat, Filip Van Nieuwerburgh
Pagina's: 85 - 98 - Osteopontin characterizes bile duct-associated macrophages and correlates with liver fibrosis severity in primary sclerosing cholangitis(2024)
Auteurs: Kevin De Muynck, Lander Heyerick, Federico Francesco De Ponti, Bart Vanderborght, Tim Meese, Sanne Van Campenhout, Leen Baudonck, Eva Gijbels, Pedro M. Rodrigues, Jesus M. Banales, et al.
Pagina's: 269 - 288 - Post-feeding transcriptomics reveals essential genes expressed in the midgut of the desert locust(2023)
Auteurs: Joachim Van Lommel, Michiel Holtof, Laurentijn Tilleman, Dorien Cools, Seppe Vansteenkiste, Daria Polgun, Rik Verdonck, Filip Van Nieuwerburgh, Jozef Vanden Broeck
- Single-cell profiling identifies a novel human polyclonal unconventional T cell lineage(2023)
Auteurs: Lore Billiet, Laurenz De Cock, Guillem Sanchez Sanchez, Rupert Mayer, Glenn Goetgeluk, Stijn De Munter, Melissa Pille, Joline Ingels, Hanne Jansen, Karin Weening, et al.
- New insights into the combined toxicity of aflatoxin B1 and fumonisin B1 in HepG2 cells using Seahorse respirometry analysis and RNA transcriptome sequencing(2023)
Auteurs: Xiangrong Chen, Mohamed Fathi Abdallah Abdelmohsen, Charlotte Grootaert, Filip Van Nieuwerburgh, Andreja Rajkovic
- Targeted haplotyping in pharmacogenomics using Oxford Nanopore Technologies' adaptive sampling(2023)
Auteurs: Koen Deserranno, Laurentijn Tilleman, Kaat Rubben, Dieter Deforce, Filip Van Nieuwerburgh
- Comparative transcriptomics of porcine liver-resident CD8αdim, liver CD8αhigh and circulating blood CD8αhigh NK cells reveals an intermediate phenotype of liver CD8αhigh NK cells(2023)
Auteurs: Leen Hermans, Sofie Denaeghel, Robert J. J. Jansens, Steffi De Pelsmaeker, Filip Van Nieuwerburgh, Dieter Deforce, Everardo Hegewisch-Solloa, Emily M. Mace, Eric Cox, Bert Devriendt, et al.
- Dynamics of training and acute exercise-induced shifts in muscular glucose transporter (GLUT) 4, 8, and 12 expression in locomotion versus posture muscles in healthy horses(2023)
Auteurs: Carmen Vidal Moreno de Vega, Diete Lemmens, Constance de Meeus d'Argenteuil, Berit Boshuizen, Lorie De Maré, Luc Leybaert, Klara Goethals, Jean Eduardo de Oliveira, Guilherme Hosotani, Dieter Deforce, et al.
- Identification and profiling of a novel Bombyx mori latent virus variant acutely infecting Helicoverpa armigera and Trichoplusia ni(2023)
Auteurs: Thomas-Wolf Verdonckt, Anton Bilsen, Filip Van Nieuwerburgh, Loes De Troij, Dulce Santos, Jozef Vanden Broeck
- Cathepsin-L secreted by high-quality bovine embryos exerts an embryotrophic effect in vitro(2023)
Auteurs: Annelies Raes, Eline Wydooghe, Krishna Pavani, Osvaldo Américo Bogado Pascottini, Katleen Van Steendam, Maarten Dhaenens, Sonia Heras, Luc Peelman, Dieter Deforce, Filip Van Nieuwerburgh, et al.
Patenten
1 - 2 van 2
- Hydrolysis-based probe and method for STR genotyping (Inventor)
- Probe and method for STR-genotyping (Inventor)