Computationeel ontwerp en ontwikkeling van een artificiële nucleaire receptor als bouwsteen voor synthetische biologie.

In dit project zullen we het computationele medicijn ontwikkelings-proces omkeren en zullen een nucleaire receptor herontwerpen om aan een artificieel vooraf bepaald ligand te binden. Een dergelijke nieuwe nucleaire receptor kan beschouwd worden als een belangrijke bouwsteen voor een synthetische systeem in gist of planten aangezien ze niet natuurlijk in deze organismes voorkomen.Het ontwerp van de receptor combineert computationele ontwerpmethoden voor zowel het ligand als voor het eiwit.De artificiële nucleaire receptor zal tesamen met elementaire bouwstenen geïntroduceerd worden in een gist cel-lijn. Dit zal ons ook inzichten opleveren in hoe signaaloverdracht door een nucleaire receptor gebeurt op een complementaire manier aan de klassieke top-down strategie.Dit  'proof-of-principle' projectvoorstel zal dus twee belangrijke zaken verwezenlijken. Enerzijds zal een nieuwe computationele methode ontwikkeld worden die van belang is voor het ontwerpen van bouwstenen die de aanwezigheid van een gegeven ligand kunnen detecteren. Anderzijds zullen we nieuwe inzichten in de moleculaire biologie van de nucleaire receptor verkrijgen.

Trefwoorden:synthetic biology

Disciplines:Biochemie en metabolisme, Medische biochemie en metabolisme