Genomische analyses van vloeibare biopsieën voor diagnose, monitoring en therapeutische stratificatie van pediatrische kankers.

Terwijl de wereldwijde overleving van kanker bij kinderen tot 80% bereikt, blijven de genezingspercentages teleurstellend laag voor bepaalde soorten tumoren met een hoog risico en voor de meeste gevallen van recidief. Bovendien laten onderzoeken naar late effecten van kankerbehandeling hoge percentages van chronische ziekten zien als gevolg van therapiegerelateerde toxiciteiten die de noodzaak van minder toxische behandelingen bij kinderen aangeven.
Recente ontwikkelingen in genomische profileringstechnieken hebben de studie van kanker genomen met ongekende details mogelijk gemaakt en bieden nieuwe mogelijkheden voor precisiegeneeskunde. De klassieke bemonstering van tumorbiopten is echter invasief en bijgevolg pijnlijk en zelfs riskant voor de patiënt. Bovendien weerspiegelen veelgebruikte kleine (tru cut) biopsieën slechts een ruimtelijk beperkte snapshot van het heterogene genomische landschap van de primaire tumor. Voor metastatische laesies is het genereren van een uitgebreid kankergenoomprofiel nog uitdagender met traditionele biopsiemethoden. Dientengevolge wordt de bruikbare therapieresistentie die kleine subklonen aandrijft over het hoofd gezien, waardoor de veronderstelde kracht van de huidige gerichte therapieprotocollen ernstig wordt belemmerd.
Onlangs zijn genoombrede sequentiemethoden ontstaan, die krachtige en gevoelige genomische analyse van vrij circulerend tumor-DNA (ctDNA) in niet-invasieve vloeibare biopsieën mogelijk maken. Deze niet-invasieve technieken beloven een snelle, veilige en zeer informatieve genetische analyse, waarbij zelfs kleine tumoren kunnen worden geïdentificeerd die nog niet zichtbaar zijn door de momenteel gebruikte beeldvormende technieken. Hoewel veelbelovend, vereisen vloeibare biopsieën verder onderzoek naar specificiteit, gevoeligheid en informatieve kracht bij diagnose, prognose en voor het monitoren van therapierespons en vroege detectie van terugval.
In dit project zullen we een diepgaande verkenning uitvoeren van het potentieel van vloeibare biopsieën in de genetische opwerking, follow-up en klinische behandeling van neuroblastoompatiënten. We zullen onze nieuwe analytische pijpleidingen toepassen voor ondiepe analyse van het volledige genoom-DNA-kopienummer, volledige exoom-sequencing, diep-gerichte sequencing en digitale druppel-PCR om diagnostische en recidiverende bloedmonsters van patiënten (ctDNA) te vergelijken met gegevens van tumorbiopsieën en gedissemineerde tumorcellen (DTC's) om diagnose, risicostratificatie en follow-up van patiënten te verbeteren en om een ​​completer beeld van tumorheterogeniteit te genereren, in het bijzonder voor therapeutisch bruikbare subklonen. Daarnaast zullen we ook de haalbaarheid evalueren van het gebruik van vloeibare biopsiemonsters voor het meten van de therapierespons en het detecteren van vroege terugval. Ten slotte zullen we ook een proof-of-principle-onderzoek starten voor vloeibare biopsieën bij patiënten met andere pediatrische solide tumoren.