< Terug naar vorige pagina

Publicatie

Identifying dynamic sparse interaction networks

Boek - Dissertatie

Interactienetwerken beschrijven een waaier van systemen uit de samenleving en de natuur. Vaak geciteerde voorbeelden zijn het World Wide Web, een netwerk van documenten (webpagina’s) gelinkt met elkaar via verschillende hyperlinks (URL’s) [5, 52] en de cel [70], een netwerk van chemische (genen) connecties via biochemische reacties. Een biologisch netwerk kan beschreven worden als volgt. Een organisme, zoals gist, bestaat uit genen, proteïnen en andere elementen. Deze genen en proteïnen zijn de knopen in zulke netwerken en kunnen verbonden worden met andere genen en proteïnen in dat netwerk. Wanneer een gen of proteïnen zich onregelmatig gedraagt, kan een ziekte optreden. Om dit te begrijpen, is het dus belangrijk dat deze genen/proteïnen opgespoord kunnen worden. Celdeling, bijvoorbeeld, zorgt voor het herstel van een weefsel en elke cel bevat genen die de celdeling controleren. Indien een gen zich onregelmatig gedraagt, en dus de celdeling beïnvloedt, kan dit leiden tot een ongecontroleerde groei van weefsel, gekend als kanker. Deze ongecontroleerde groei kan gestimuleerd of afgeremd worden door enerzijds externe factoren, zoals hormonen en chemische substanties, en anderzijds intern door andere genen. Om deze genen te kunnen opsporen, stellen we hun onderlinge wisselwerking voor met behulp van een interactienetwerk. Dit modelleren we als een interactiematrix, die voor elk koppel genen de graad van beïnvloeding tussen beide weergeeft. De laatste decennia is het onderzoeksgebied van genetica en bio-informatica sterk gegroeid, o.a. dankzij de ontwikkeling van microarray-technologie. Via deze technologie is het mogelijk om genen proteïne-expressies—het gedrag van genen en proteïnen over de tijd—te meten.
Jaar van publicatie:2009
Toegankelijkheid:Open