Faster, cheaper identification of emerging virus problems (VIRFAST)

VIRFAST stelt zich de vraag in welke mate er bij de detectie en identificatie van virussen in planten gebruik valt te maken van de methode ‘directe RNA sequencing’. Dat is een geavanceerde moleculaire techniek die al wordt toegepast in de menselijke en dierlijke geneeskunde, maar nog niet of nauwelijks in de plantengezondheidswereld. Concreet gaan de onderzoekers de zogenaamde  Oxford nanopore technologie uittesten, als een gevoelige, snelle en betrouwbare diagnostische methode.  Samen met laboratoria uit verschillende Europese landen wordt een diagnostisch netwerk opgezet voor plantaardige producties, waarbij snel wordt ingespeeld op de nieuwe ontwikkelingen qua virusdetectie- en identificatiemethoden, met in dit project de focus op de nanopore RNA sequencing technologie, gebruik makend van de MinIon.

De directe RNA sequencing technologie is eerst op eenvoudige monsters uitgetest. Geleidelijk zijn er complexere monsters gekozen, bijvoorbeeld door meervoudige aanwezigheid van verschillende types virussen te combineren, of door de keuze van een 'moelijkere' matrix. Er is onderzocht of de methode nog de juiste resultaten oplevert wanneer hetzelfde virus zich bevindt op verschillende plantmaterialen of –soorten (bijvoorbeeld groenten of fruitbomen). Een internationale groep stakeholders heeft de methode verder uitgetest in het kader van een interlaboratorium test. De resultaten worden kenbaar gemaakt binnen de wetenschappelijke wereld (diagnostische plantengezondheidslaboratoria) en bij de overheden en beleid. 

De resultaten zijn opgeleverd en gunstig. Wanneer nanopore sequencing een routine tool wordt voor virusdiagnose in plantaardig materiaal, krijgen de telers een aanmerkelijk sneller, breder en doeltreffender advies vanwege de plant-diagnosecentra. De zoektocht naar eventuele aanwezige virussen hoeft dan ook niet meer zo meer gericht -op basis van vooraf gemaakte hypotheses - te gebeuren. De onderzoekers nemen zich voor om hun resultaten inzake deze innovatieve nanopore sequencing technologie voor gebruik in de plantengezondheidslaboratoria te delen onder de transnationale projectpartners, onder het gehele EUPHRESCO netwerk en bij uitbreiding via EPPO en in internationale publicaties naar de volledige plantgezondheidswereld. We mikken op het bereiken van de diverse NPPOs (National Plant Protection Organisations) om hen te helpen bij de verbeterde on-site diagnostiek.