Single-molecule long-read sequencing voor analyse met hoge resolutie en comparative genomics van de klinische Clostridioides difficile ECDC / Leeds-Leiden referentiecollectie

Clostridioides difficile is wereldwijd de belangrijkste bron van zorggerelateerde infectieuze diarree en veroorzaakt een ziekte die bekend staat als C. difficile-infectie (CDI) geassocieerd met langdurig verblijf in het ziekenhuis en verhoogde mortaliteit. Whole-genome sequencing (WGS) benaderingen toegepast op de studie van C. difficile hebben een zeer variabel 4.1-4.3 Mb-genoom onthuld dat niet alleen rijk is aan mobiele genetische elementen, maar ook zeer complex is om te assembleren vanwege de aanwezigheid van talrijke herhaalde regio's. Dus hebben conventionele short-read sequencing-technologieën beperkt succes gehad bij het oplossen van C. difficile genomen en hebben ze geleid tot onvolledige en onjuist samengestelde genomen.In deze studie zijn we van plan om single-molecule real-time (SMRT) long-read sequencing te gebruiken om volledige, gapless C. difficile genomen te verkrijgen en een genoombrede analyse met hoge resolutie en vergelijking van klinische referentiestammen geïsoleerd van patiënten over de hele linie mogelijk te maken. Europa opgenomen in de referentiecollectie van ECDC / Leeds-Leiden. Deze opeenvolgende verzameling zal openbaar worden gemaakt in het European Nucleotide Archive (ENA) / NCBI om verder onderzoek naar verschillende aspecten, zowel fundamenteel als klinisch, van CDI te stimuleren met als doel betere preventieve, therapeutische / diagnostische en typestrategieën te ontwikkelen.

Trefwoorden:BIO-INFORMATICA, SEQUENTIEANALYSE, BACTERIOLOGIE

Disciplines:Analyse van next-generation sequence data, Bio-informatica data-integratie en netwerkbiologie, Bacteriologie, Infectieziekten