< Terug naar vorige pagina

Project

Het ontrafelen van de post-transcriptionele regulatieketen in Leishmania door multi'omic integratie.

Het genexpressiesysteem van Trypanosomatiden vertoont opmerkelijke verschillen met dat van andere Eukaryote organismen. Het systeem wordt niet gecontroleerd door transcriptiefactoren, maar genen worden constitutief afgeschreven in lange arrays van tientallen tot honderden functioneel ongerelateerde genen. In deze studie trachten we te begrijpen hoe trypanosomatiden er met dit polycistronisch genexpressiesysteem toch in slagen om de grote variatie in transcript en proteïne-niveaus te genereren en te reguleren, die typisch geobserveerd wordt tijdens hun levenscyclus. We gebruiken daarbij Leishmania donovani als een modelsysteem om de eerste diepe karakterisatie uit te voeren van transcript isovormen (gebruikmakend van long-read PacBio sequencing) en hun graad van translatie ('translatoom'), op verschillende punten in de levenscyclus van de parasiet. Door gebruik te maken van state-of-the art pattern mining en machine learning methoden zullen we de sequentie en structurele patronen trachten te identificeren in het mRNA, die een rol spelen in het moduleren van transcript stabiliteit en/of translatie-efficiëntie. Het eindoel van het project is te komen tot een integratief, systeembiologisch model van proteïneproductie en de post-transcriptionele regulatie hiervan in Leishmania, gevalideerd met reeds eerder verzamelde multi-'omics data.
Datum:1 jan 2020 →  31 dec 2022
Trefwoorden:TRANSCRIPTIE, TRANSCRIPTOMICS, BIO-INFORMATICA, LEISHMANIA
Disciplines:Analyse van next-generation sequence data, Bio-informatica data-integratie en netwerkbiologie, Computationele biomodellering en machine learning, Ontwikkeling van bio-informatica software, tools en databases, Transcriptie en translatie, Genomics, Proteomics, Transcriptomics