Nieuwe kennis uit publieke gegevens in de levenswetenschappen

Deze applicatie is een vernieuwing van het Wetenschappelijk Onderzoeksnetwerk (2015-W001015N) met dezelfde titel die loopt van 2015 tot eind 2019. Deze vernieuwing update twee Vlaamse leden van het consortium en voegt een extra partner uit het Franstalige gebied toe.

In de vijf jaar van het vorige onderzoeksnetwerk heeft het consortium al belangrijke wetenschappelijke bijdragen geleverd, zoals blijkt uit de vele gezamenlijk georganiseerde evenementen, gezamenlijk ingediende subsidievoorstellen en gezamenlijk geschreven publicaties (zie het eindrapport voor details). En met de toevoeging in deze vernieuwingstoepassing van drie nieuwe, hooggekwalificeerde en uniek complementaire onderzoeksgroepen aan het consortium, breidt de reikwijdte en expertise van het onderzoeksnetwerk zich nog verder uit.

Tegelijkertijd maken twee groepen vanwege veranderingen in locatie en onderzoeksfocus geen deel meer uit van dit vernieuwingsvoorstel. De KULeuven-eenheid van prof. Jan Ramon (afdelingshoofd: prof. Maurice Bruynooghe) maakt geen deel meer uit, aangezien prof. Ramon een nieuwe functie heeft aangenomen bij INRIA in Lille, Frankrijk, en zijn onderzoeksonderwerp heeft gewijzigd. Ook de UGent-groep van Steven Maere maakt geen deel meer uit van deze vernieuwing, aangezien ook deze groep de onderzoeksfocus de afgelopen jaren heeft veranderd.

In plaats daarvan worden drie nieuwe groepen toegevoegd. Twee van deze groepen zijn opgenomen vanwege hun sterke focus op geavanceerde statistische methoden voor omics-gegevens, die in het vorige consortium als een ontbrekend element werden geïdentificeerd. Deze twee groepen zijn de statOmics-groep van prof. Lieven Clement aan de UGent, en de recent opgerichte CBIO-groep van prof. Laurent Gatto aan het De Duve Institute in UCLouvain. De derde nieuwe groep in deze applicatie, de groep van prof. Giovanni Samaey aan de KULeuven, richt zich op efficiënte maar performante numerieke algoritmen die ook binnen het consortium zijn geïdentificeerd als een knelpunt in de toekomst, vooral gezien de steeds grotere omvang van datasets, en de steeds toenemende complexiteit van de algoritmen die binnen het consortium zijn ontwikkeld om nieuwe kennis uit deze data te halen.

In navolging van het vorige onderzoeksnetwerk blijft dit consortium gericht op het optimaal onttrekken van waarde aan de stortvloed aan openbaar beschikbare omics-gegevens die wordt geproduceerd door de hedendaagse high-throughput analytics in de moleculaire biologie. Elke analyse karakteriseert en kwantificeert duizenden tot honderdduizenden genen, transcripten of eiwitten, en slechts kleine fracties van deze enorme hoeveelheden informatie zijn eigenlijk nodig voor en gebruikt in de onderzoekscontext waarin deze gegevens worden verzameld. Omdat deze gegevens echter gestaag worden gearchiveerd in steeds groter wordende openbare gegevensopslagplaatsen, is er een enorme belofte in het opnieuw analyseren van deze gegevens met behulp van geavanceerde algoritmen voor speciale doeleinden die zowel de enorme datasetgroottes als hun aanzienlijke heterogeniteit aankunnen . Dit is precies waar de gecombineerde expertise van de groepen in dit consortium binnenkomt, aangezien ze samen een internationaal geprezen en reeds gevestigd netwerk van vooraanstaande wetenschappers vormen die de manier veranderen waarop levenswetenschappers naar hun eigen gegevens en die van anderen kijken .

De belangrijkste wetenschappelijke doelstelling van deze gemeenschap voor wetenschappelijk onderzoek is daarom het uitvoeren van grootschalige mijnbouw en analyse van openbare levenswetenschappelijke gegevens in verschillende domeinen, en deze bevindingen vervolgens te integreren in multiscale kennisbanken om context te bieden en functionele relevantie te ontdekken. De uiteindelijke resultaten zijn dus niet alleen gezamenlijk georganiseerde evenementen, gezamenlijke nationale en internationale subsidieaanvragen en gezamenlijke papers, maar ook betrouwbare, gebruiksvriendelijke online kennisbanken (vergelijkbaar met de bronnen van LNCipedia, online Tabloid Proteome en Scop3P) gezamenlijk ontwikkeld in het vorige onderzoeksnetwerk) die vrij toegankelijk is voor elke geïnteresseerde onderzoeker in de levenswetenschappen. De onderzoeksgroepen die hier in deze onderzoeksnetwerkapplicatie zijn samengesteld, zijn uniek geplaatst om dit leidende werk uit te voeren en kunnen voortbouwen op sterke gedeelde interesses in combinatie met zeer complementaire vaardigheden (zie groepsbeschrijvingen hieronder). Het geplande gezamenlijk uit te voeren werk (in meer detail gepresenteerd in de tabel uit de paragraaf over concrete planning hieronder) is tegelijkertijd zeer ambitieus en noodzakelijkerwijs zeer interdisciplinair. En de enige manier waarop de doelstellingen van dit project aldus kunnen worden bereikt, is om verschillende expertgroepen nauw en constructief te laten samenwerken. In dit proces zal dit onderzoeksnetwerk de Vlaamse leden een enorm voordeel opleveren door deze groepen stevig te vestigen als absolute wereldleiders op het vlak van de verwerking van openbare omics-gegevens, en zal het dus ook de Vlaamse onderzoeksgemeenschap ten goede komen door Vlaanderen tot de meest aantrekkelijke regio te maken in de wereld voor ambitieuze en getalenteerde promovendi en postdocs om in te werken.