Project
Sabbatperiode: Dirk Springael: Meta-proteomics as a tool to assess community-wide activity of the mobile genetic element - insertion element IS1071
Horizontale genoverdracht (HGT) speelt een belangrijke rol bij microbiële aanpassing. HGT wordt beheerst door de "Mobilome", d.w.z. de pool van mobiele genetische elementen (MGE's) inclusief plasmiden, transposons, insertie sequenties, integronen enz. Hun aanwezigheid en overvloed in microbiële gemeenschappen kan worden aangetoond door technieken als kwantitatieve PCR en meta-genomics, maar dat betekent niet noodzakelijk dat hun activiteit afhankelijk is van beide transcriptionele en (post) translationele regulering. Dit project beoogt inzicht te verwerven in het potentieel van metaproteomica om direct inzicht te krijgen in functioneel actieve MGE's in complexe gemeenschappen gericht op insertie sequentie IS1071 (bij UMons). Daarnaast zal er tijd worden besteed aan UCL om in het genomische landschap van IS1071 te duiken