Diagnose door middel van gesorteerde immuunrepertoires (DiagnoSIR)

Diagnostische laboratoriumtests voor infectieziekten zijn nog steeds gebaseerd op gerichte testmethoden (Ag-detectie, PCR, ELISA, agglutinatie, ELISPOT, enz.). Snelle evoluties in sequentietoepassingen kunnen onze diagnostische algoritmen echter binnenkort drastisch veranderen. Metagenomische sequenering is bijvoorbeeld een ongericht diagnostisch hulpmiddel voor directe (in theorie elke) detectie van infectieuze pathogenen zonder veronderstellingen over de veroorzaker. Acute infectieuze pathogenen verdwijnen echter snel van het geïnfecteerde individu (waardoor diagnostische methoden op basis van directe detectie van pathogenen mislukken) maar laten wel een immuunafdruk achter (B- en T-cellen). Met dit project, willen we aantonen dat sequenering van het immuunrepertoire (een nieuwe techniek dat high-throughput mapping van variabele domeinen van B- en T-celreceptoren mogelijk maakt) gericht op recent geactiveerde immuuncellen een indirect, niet-gericht diagnostisch instrument is voor de detectie van acute infectieuze pathogenen. Deze methode zou een mogelijk ​​alternatief zijn voor de huidige indirecte gerichte assays (serologie en T-celassays). Om dit concept te bewijzen, zullen we recent verzamelde acute COVID-19-patiëntstalen gebruiken.

Trefwoorden:T-CELLEN, DIAGNOSTIEK, INFECTIEZIEKTEN

Disciplines:Bio-informatica van ziekten, Microbiële diagnostiek, Adaptieve immunologie

Project type:Samenwerkingsproject