Inter- en intracommunautaire dynamiek van SARS-CoV-2-verspreiding door een combinatie van sequentiebepaling van het viraal genoom en fylodynamische analyse

Sinds de introductie van SARS-CoV-2 heeft het virus zich zeer snel verspreid en heeft het over de hele wereld ernstige respiratoire pathologie veroorzaakt. Binnen korte tijd volgde een pandemie. Het virus is afkomstig van een zoönotische gebeurtenis, waarbij waarschijnlijk een vleermuis of zelfs een schubdier het virus droeg en een mens infecteerde door overdracht van dier op mens. Dit betekent dat het virus nog steeds op zoek is naar een optimale fit met zijn nieuwe gastheer, de mens. Dit wordt bijvoorbeeld geïllustreerd door een nog steeds suboptimale binding tussen de menselijke ACE2-receptor en het receptorbindende domein van het virale spike-eiwit. Deze evolutionaire druk zorgt voor mutaties
waardoor we de evolutie van het virus op de voet kunnen volgen. Onze onderzoeksvraag in dit projectvoorstel is hoe verspreidt dit nieuwe coronavirus zich onder de bevolking, zowel op microniveau (bijvoorbeeld in een school of ziekenhuis) als op macroniveau (landelijk)? We stellen voor om de ruimtelijke verdeling van Belgische SARS-CoV-2-clusters te bestuderen door een combinatie van sequentiebepaling over de volledige lengte en fylodynamische analyse om te beoordelen hoe de spatio-temporele verdeling van Belgische clusters evolueerde tijdens de lockdown in maart en april, tijdens de release van deze maatregelen in mei en juni, en van de afgelopen zomerperiode (juni tot augustus). Bovendien willen we nieuwe positieve gevallen in de komende 12 maanden in een bijna realtime manier onderzoeken om de evolutie van de circulatiedynamiek door de tijd te beschrijven en de impact van COVID19-metingen op ruimtelijke transmissie in de tijd te beoordelen.