Mariene biodiversiteit multi-omica: optimalisatie van bioinformatische pijplijnen en long-read sequentie bepaling

De mariene biodiversiteit is immens en de laatste gegevens openbaren een nieuwe wereld van tot nu toe ongekende functies en dynamieken. Bovendien speelt biodiversiteit een voorname rol in het begrijpen van global change (vooral de overexploitatie van levende hulpbronnen, het verlies aan habitat en klimaatverandering). Technologische ontwikkelingen zoals autonome robotten voor terreintoepassingen en hoog-debiet sequentiebepaling hebben in belangrijke mate bijgedragen tot de vooruitgang in marien biodiversiteitsonderzoek. Daardoor zijn de -omics gegevens van niet-model organismen exponentieel aan het toenemen. Tegelijkertijd vergroten de maatschappelijke verwachtingen voor het gebruik van deze gegevens. Maar het routinematig gebruik van databanken en data analyse blijven een uitdaging omwille van het ontbreken van aangepaste bioinformatische protocollen en goed opgeleide staf. In dit project zal een jong onderzoeker getraind worden in de ontwikkeling en aanpassing van bioinformatische protocollen en pijplijnen in de discipline van biodiversiteit multi-omica. We verwijzen speciaal naar DNA metabarcoding en eDNA, DNA metagenomica, reduced representation sequencing, skim (volledige genoom) sequentie bepaling en de latere integratie van functionele gebieden van genomen (transcriptomica en proteomica). De integratie van korte- (Illumina) en lange-aflees (PacBio, Oxford Nanopore) technologie vormt een bijkomend integratief niveau van het onderzoeksplan. Het project past in de contekst van het European Marine Biological Research Center (www.embrc.be), de expertise in LBEG en het bioinformatica knooppunt van de Genomics Core.