FLUOROCODE 2.0: Een verbeterde versie van 'optical mapping' voor de analyse van het microbioom

De relatie tussen microbiota en hun gastheer is intensief bestudeerd doorheen de afgelopen jaren. Een ‘gezond’ menselijk microbioom wordt nu zelfs beschouwd als complementair aan dat van de gastheer: het voorziet in anders ontoegankelijke trajecten voor koolhydraatmetabolisme, aanmaak van vitamines, en zelfs regulatie van het immuunsysteem. Anderzijds werd een onevenwicht in het intestinaal microbioom geassocieerd met ziektebeelden gaande van auto-immuunziekten tot neurodegeneratieve aandoeningen met als prominent voorbeeld het recent aangetoonde verband tussen het intestinaal microbioom en de slaagkans op immunotherapie. Het microbioom verwerft hierdoor de status van gepersonaliseerde therapeutische target. Het is dan ook niet verwonderlijk dat vraag naar methoden voor microbioomprofilering steeds meer toeneemt en dat men steed meer veeleisend wordt naar quantitatieve parameters die gemeten moeten worden. Als antwoord op deze prangende vraag stellen we een diagnostische methode voor die het snel monitoren van het microbioom toelaat. Om dat te bewerkstelligen zal in FLUOROCODE 2.0 verder gebouwd worden op een door ons ontwikkelde DNA mapping techniek. We streven naar een doorvoer van honderden gigabases per experiment met minimale analysetijd dankzij de implementatie van ‘Deep Learning’. Alles tezamen willen we met dit project nieuwe deuren openen naar een snel uitlezen en opvolgen van het microbioom.