< Terug naar vorige pagina

Project

Bio-informatica voor eencellige sequentie en in situ RNA-analyse om celniches en cel-celinteractie te bestuderen

eencellige RNA-seq-procedures alleen zijn onvoldoende om uitgebreid inzicht te verschaffen in orgaancelatlassen in gezondheid en ziekte. Inderdaad, aangezien de meeste van onze orgelfuncties worden uitgevoerd door de gecoördineerde actie van individuele cellen in een ruimtelijk georganiseerde context, is het van het grootste belang om afzonderlijke cellen te onderzoeken in hun oorspronkelijke ruimtelijke context. Dit is niet alleen belangrijk om de normale ontwikkeling en functie van organen te begrijpen, maar ook om te onderzoeken hoe (subpopulaties van) cellen verstoord worden bij zieke aandoeningen zoals kanker of neurologische aandoeningen. Dit heeft de recente belangrijke vorderingen in ruimtelijke transcriptomics-methodologieën gestimuleerd. RNA-moleculen hoeven niet langer uit cellen te worden geëxtraheerd, maar kunnen direct in hun oorspronkelijke weefselcontext worden gevisualiseerd door gebruik te maken van in situ hybridisatie (ISH) -technologieën of in situ sequencing (ISS) -technologieën. U kunt ook gebruikmaken van in situ capturing (ISC) -technologieën. In dit doctoraatsproefschrift stellen we de ontwikkeling voor van nieuwe data-analysemethoden en experimentele ontwerpen die nodig zijn voor de interpretatie van deze geavanceerde ruimtelijke omic-technologieën door gebruik te maken van de modernste diepgaande leermethoden.

Datum:10 mei 2021 →  Heden
Trefwoorden:spatial omics
Disciplines:Single-cell data analyse, Computationele biomodellering en machine learning
Project type:PhD project