< Terug naar vorige pagina

Project

LeapSEQ: Efficiënte data processing oplossingen voor adaptieve en mobiele genoom sequencing, toegepast op monitoring van infectieziekten.

Infectieziekten worden wereldwijd een steeds grotere uitdaging voor de volksgezondheid, met verstedelijking, toegenomen reizen, klimaatverandering, vernietiging van habitats en ontbossing die lokale uitbraken en wereldwijde verspreiding aanwakkeren. Metagenomische sequentiebepaling biedt een aantrekkelijke oplossing om al het genomische materiaal dat aanwezig is in een patiëntenmonster te identificeren zonder voorafgaande kennis van het doelwit. Terwijl metagenomische sequencing tot dusverre was gebaseerd op grote, dure en operationeel veeleisende DNA-sequencers die gereserveerd waren voor deskundige laboratoria, biedt de recente introductie van nanopore sequencing apparaten op USB-stick-formaat een aantrekkelijke draagbare en betaalbare oplossing voor metagenomische sequentiebepaling in low-cost omgevingen over de hele wereld. Voor de context van pathogeendetectie heeft deze technologie echter nog steeds te kampen met enkele roadblocks op het vlak van data interpretatie. In dit strategische basisonderzoeksproject willen we belangrijke obstakels wegnemen die staan tussen nanopore sequencing en de implementatie ervan voor draagbare detectie, karakterisering en monitoring van pathogenen. Deze roadblocks omvatten: (1) de afhankelijkheid van deskundige bioinformatica-vaardigheden om de sequencing gegevens om te zetten in interpreteerbare resultaten; (2) het ontbreken van real-time interactie met het lopende sequencingproces; en (3) de selectiviteitsproblemen van detectie van pathogenen met een lage abundantie tussen zeer abundant gastheer-DNA. We zullen deze problemen aanpakken door een Lean and Adaptive bioinformaticaoplossing voor Portable Sequencing ("LeapSEQ") te implementeren op basis van intern ontwikkelde gegevensverwerkingstechnieken. We zullen deze tool optimaliseren en valideren met zeer relevante use cases voor infectieziekten samen met strategische partners van ITM en UA, en het valorisatiepotentieel ervan onderzoeken in de context van wereldwijde identificatie van pathogenen.
Datum:1 okt 2021 →  30 sep 2023
Trefwoorden:NANOPORE SEQUENCING, MACHINAAL LEREN, DIAGNOSTIEK, VIROLOGIE
Disciplines:Analyse van next-generation sequence data, Ontwikkeling van bio-informatica software, tools en databases, Medische biotechnologie-gerelateerde diagnostiek, Medische metagenomics