Detectie van virusdragende Xiphinema spp. als een alternatief voor Xiphinema identificatie tot op species niveau in de handel (XIPHIVIR)

Nematoden (aaltjes in de bodem) kunnen in bepaalde gevallen virussen overdragen die niet wenselijk - of zelfs verboden - zijn in de plantgoedwereld. In het XiphiVIR project is getracht om een methode te ontwikkelen om nepovirussen te detecteren in Xiphinema nematoden, met de onderzoeksvragen: 1) Welke methoden zijn er momenteel al beschikbaar om (nepo)virussen in planten en nematoden te detecteren, en welke van deze bieden de beste opties als performante generieke methode om de verschillende nepovirussen (in subgroepen) op te sporen? 2) Kunnen we (een) geoptimaliseerde en gevalideerde methode(n) aanbieden voor de detectie van virussen in de nematoden, met de nadruk op specificiteit, gevoeligheid en robuustheid van de methode? 3) Hoe presteert deze methode voor de detectie van virussen in nematoden in het kader van een interlaboratoriumtest, en hoe goed scoort de methode in dezelfde interlaboratoriumtest voor parameters zoals herhaalbaarheid en reproduceerbaarheid? 4) Is nanopore sequencing (MinIon-strategie), als snelle methode om (nepo)virussen in nematodenmonsters te identificeren, een alternatieve optie voor de toekomst? 

De eerste stap was het screenen van de huidige methoden om nepovirussen in planten en nematoden te detecteren, zowel uit de wetenschappelijke literatuur, de interlaboratorium-testrapporten als uit de praktijk. De meest performante generieke methoden werden geselecteerd voor de detectie van de verschillende subgroepen van nepovirussen. Xiphinema spp. werden verzameld en culturen werden opgestart. Methoden werden geoptimaliseerd en gevalideerd voor virusdetectie in de nematoden, waarbij een gestandaardiseerd all-inclusive protocol werd opgesteld, te beginnen met nematodenextractie, RNA-extractie, virusdetectie en virusidentificatie. Via een interlaboratoriumtest werden de methoden voor virusdetectie in nematoden gevalideerd. Tot slot werd het potentieel van MinION nanopore sequencing onderzocht in een korte eerste proef met een klein aantal geselecteerde nematodenmonsters met bekende virusstatus. 

Kwekers en handelaars in planten hebben baat bij een snelle en betrouwbare diagnosemethode terzake.  Momenteel mogen er geen planten worden geïmporteerd die de soorten bevatten van de X. americanum-groep waarvan wordt erkend dat ze bepaalde virussen kunnen overdragen. Dit kan soepeler door te eisen dat de (echte) aanwezigheid van een nepovirus in het aaltje wordt bevestigd of ontkend. Een dergelijke, gunstigere fytosanitaire regeling is met dit onderzoeksproject dichterbij gekomen. Op het methodologisch-wetenschappelijk vlak vermelden we dat de aanpak van dit project vanaf nu ook kan toegepast worden op andere nematodengeslachten die virussen overdragen.