PhD: Onderzoek naar de reactie van een synthetische menselijke darmgemeenschap op verstoringen

Het doel van het doctoraatsproject 'PhD: Onderzoek naar de reactie van een synthetische menselijke darmgemeenschap op verstoringen' is om een proof-of-conceptstudie uit te voeren om de controletheorie op een microbiële gemeenschap te evalueren. Er zal een testgemeenschap worden opgericht die bestaat uit zeven menselijke darmbacteriën. Twee van deze soorten in de testgemeenschap zullen opportunistisch zijn en nauw verbonden zijn met stammen die pathogeen gedrag vertonen bij inflammatoire darmziekte (IBD). De testgemeenschap zal een grote hoeveelheid van dergelijke soorten hebben, waardoor het een 'dysbiotische' gemeenschapsconfiguratie wordt. De geselecteerde soorten en de testgemeenschap zullen worden bestudeerd om hun reactie op grootschalige verstoringen zoals verandering in pH, verandering in hoeveelheid voedingsstoffen en blootstelling aan zuurstof op te helderen. Een gerichte verstoring voorspeld door de controletheorie zal worden toegepast om de gemeenschapsconfiguratie naar een 'eubiotische' toestand te verschuiven door de abundantie van de opportunistische soorten te verminderen. Groeisnelheden, interactiesterkten en andere geschikte parameters moeten worden gemeten om een wiskundig model te ontwikkelen om de microbiële dynamiek te begrijpen. Dit project biedt ook de ruimte om bij te dragen aan de ontwikkeling van een dergelijk wiskundig hulpmiddel. De verschillende stappen die een dysbiotische naar een eubiotische darmgemeenschap in vitro veranderen, zullen ook uit dit project worden begrepen.