Een enkelvoudige cel benadering om epigenetische regulatie van Plasmodium knowlesi fenotypes te bestuderen: rode bloedcel invasie en gametocyte differentiatieprocessen (SinCellK)

Transcriptieregulatie bij P. vivax is nog steeds slecht begrepen, hoewel het een belangrijke rol speelt in belangrijke biologische processen zoals rode bloedcel invasie en gametocyte conversie. Aangezien transcriptiefactoren slechts een ondergeschikte rol spelen in de transcriptionele controle, wordt verondersteld dat epigenetische regulatie via histonmodificaties, net zoals bij P. falciparum, een belangrijke rol speelt. Tot nu toe was het onderzoek naar epigenetica in P. vivax een uitdaging door het gebrek aan lange-termijn in vitro kweek, waardoor het onderzoek beperkt bleef tot lage parasitaemie patiëntenstalen. Met de komst van single-cell sequencing technologieën, is het haalbaar geworden om niet alleen lage input stalen te sequeneren, maar ze ook te bestuderen op individueel celniveau, een belangrijke voorwaarde om epigenetica te bestuderen, aangezien klonale populaties verschillende expressiepatronen vertonen. We zullen zowel expressie als chromatineconformatie van dezelfde cellen meten, met behulp van een recent ontwikkelde kit. We stellen voor om in vitro gekweekte P. knowlesi te gebruiken, die evolutionair en genetisch dicht bij P. vivax staat, om parameters te testen en het protocol te optimaliseren dat later gebruikt zal worden voor P. vivax veldstalen. Bovendien zullen biologische inzichten worden verworven over de transcriptionele controle van P. knowlesi rode bloedcel invasieproces en gametocyte conversie, twee processen waarvan wordt verwacht dat ze epigenetisch gereguleerd zijn. Deze kunnen een basis vormen om dit in P. vivax te onderzoeken en de processen tussen beide soorten te vergelijken.

Project type:PhD project