Onderzoek naar de rol van chromatine toegankelijkheid in de globale transcriptieregulatie in Leishmania quiescente cellen met behulp van multiomische enkelvoudige cel benaderingen (LEISHCHROMAQ)

Quiescentie is een fysiologische toestand die micro-organismen in staat stelt vele omgevingsinvloeden te overleven en wordt gekenmerkt door een omkeerbare stilstand van de celdeling en een metabolische downregulatie. Het is essentieel voor de instandhouding van pathogene populaties, draagt bij tot het succes van parasitisme en kan verschillende (sub)klinische kenmerken verklaren, zoals asymptomatische infecties, recidieven en falen van behandeling (zonder resistentie tegen geneesmiddelen). Quiescence werd recent aangetoond bij Leishmania, maar is nog steeds onvoldoende bestudeerd. Eén van de gemeenschappelijke kenmerken van rustende cellen is chromatinecondensatie, wat waarschijnlijk een mechanisme is om transcriptie te onderdrukken, het genoom te beschermen, en de cel op minimale metabolische activiteit te houden. Het is momenteel onbekend of veranderingen in chromatineconformatie optreden in Leishmania rustende cellen. In dit project, dat zich richt op Leishmania donovani, zullen we de chromatine toegankelijkheid onderzoeken tijdens de start, handhaving en exit van quiescentie en dit correleren met de
waargenomen transcriptionele veranderingen. We zullen twee quiescentie-modellen beschouwen, gebaseerd op respectievelijk starvatie en blootstelling aan drugs. Deze zullen worden bestudeerd op het niveau van één cel door toepassing van een geavanceerde methode die een assay voor transposase-toegankelijk chromatine combineert met behulp van sequencing (ATACseq) en
RNAseq, waardoor gelijktijdige metingen in dezelfde cellen over duizenden cellen mogelijk zijn.

Project type:PhD project