Onderzoek naar de rol van insertie elementen in de adaptatie van microbiële gemeenschappen aan antropogene milieuveranderingen.

Horizontale gentransfer (HGT) speelt een essentiële rol in de adaptatie van microbiële gemeenschappen aan antropogene milieuveranderingen. Typische voorbeelden zijn antibioticaresistentie en katabolisme van xenobiotische organische stoffen. Onder de genetische elementen verantwoordelijk voor HGT bevinden zich conjugatieve elementen en insertiesequentie (IS)-elementen. Conjugatieve elementen zoals plasmiden staan in voor de overdracht van adaptieve genfuncties tussen verschillende organismen, terwijl de IS-elementen een essentiële rol zouden spelen bij het verwerven van die genfuncties door de conjugatieve elementen, waardoor ze vatbaar worden voor laterale overdracht. Hoewel er veel informatie bestaat over de moleculaire mechanismen van de werking van IS-elementen, is er, en dit in tegenstelling tot plasmiden, minder informatie over de bijdrage ervan aan HGT en microbiële aanpassing in een bredere microbiële gemeenschapscontext. Dit project beoogt inzicht te krijgen in de rol van IS-elementen in microbiële genetische aanpassing en van de antropogene omgevingsfactoren in het sturen van IS-gemedieerde genrecrutering en HGT in complexe gemeenschappen. Met behulp van innovatieve tools en experimenteel ontwerp zal het zowel de densiteiten en identiteit van de genetische cargo van IS-elementen onderzoeken als het voorkomen van IS-gemedieerde genrecrutering en HGT in bodem en zoetwateromgevingen en hun relatie met omgevingsparameters en de antropogene selectieve druk, analyseren.