Bepalen van virale en bacteriële kolonisatie van de lage luchtwegen bij mucoviscidosepatiënten door metagenome sequencing en multiplex qPCR.

Mucoviscidose (CF) veroorzaakt een verstoorde mucociliaire klaring ter hoogte van de luchtwegen en stase van mucus. Dit leidt tot chronische infectie en inflammatie. Er bestaan toenemende aanwijzingen dat de ganse microbiële samenstelling van het luchtwegmicrobioom het verloop van luchtweginfecties in CF bepaalt. Dit microbioom bestaat ook uit beneficiële bacteriën die anti-pathogeen zijn en een immunomodulerende werking hebben. Het is daarom belangrijk om een volledige sequencing van het microbioom uit te voeren om zo een inzicht te krijgen op de onderlinge relaties van deze verschillende micro-organismen in de CF-luchtweg. De huidige microbioomstudies in CF gebruiken de 16S amplicon sequencing. Nochtans is deze niet in staat de organismen te identificeren op niveau van de bacteriële species of stam. Shotgun sequencing is een opkomende techniek die een alternatief is voor de klassieke techniek en heeft als voordeel dat het de micro-organismen wel op species- of stamniveau kan detecteren. Bovendien kan de techniek inzicht geven in functionele genen in het luchtwegmicrobioom. In tegenstelling tot de 16S amplicon sequencing, geeft de shotgun techniek een volledige sequencing van al het DNA in het staal, zowel microbieel als humaan, waar de 16S amplicon sequencing enkel gefocust is op bacteriën. Bovendien geeft deze laatste techniek ook geen data over virussen en dit is belangrijk omdat acute exacerbaties vaak viraal geïnduceerd zijn, zeker bij jonge kinderen. Het doel van deze studie is de toepassing van shotgun sequencing in vergelijking met 16S amplicon sequencing om gedetailleerde informatie te verkrijgen over het luchtwegmicrobioom en de link met virale infecties. Om dit te bereiken gaan we (1) de techniek van de shotgun sequencing optimaliseren en implementeren in sputumstalen tesamen met de 16S sequencing en (2) de sequencing data linken met multiplex qPCR voor virusdetectie.

Trefwoorden:MICROBIOOM, MUCOVISCIDOSE

Disciplines:Microbioom, Pediatrie