Surface imprinted polymeren technologie en nanopore sequenering voor point of care voedingsmicrobiologische analyse (SIPORE)

SIPORE heeft als doel om 'surface imprinted polymers' (SIP) biosensors te verkennen en testen in combinatie met een draagbaar nanopore DNA sequentie systeem (MinION) voor on-site detectie van microbiële aanwezigheid in de agrifood industrie. De twee technologieën, SIP en whole genome nanopore sequencing, zijn veelbelovend voor 'on-site' detectie en karakterisatie van voedselpathogenen en voor monitoring van starter cultuur stammen.

In deze studie zullen SIP-chip coatings gesynthetiseerd worden via (i) zachte lithografie stempeling en (ii) elektropolymerisatie voor de selectieve detectie van Listeria monocytogenes, Salmonella Enteritidis en Typhimurium, Lactobacillus plantarum en Bacillus cereus. Daarenboven zal het gebruik van het draagbare ‘whole genome’ nanopore sequeneringssysteem voor stamkarakterisatie op subspecies niveau (Salmonella en L. monocytogenes) geëvalueerd worden door benchmarking tegen Illumina sequenering. Tenslotte zal het potentieel om SIP biosensors te gebruiken als initiële screening en selectie stap voor downstream MinION subspecies typing onderzocht worden.