Onderzoeker
Filip Van Nieuwerburgh
- Trefwoorden:Massively parallel sequencing, Toegepaste bio-informatica
- Disciplines:Farmogenetica en -genomica, Genetica, Epigenetica, Immunogenetica
Affiliaties
- Vakgroep Geneesmiddelenleer (Departement)
Lid
Vanaf1 sep 1999 → Heden
Infrastructuur
1 - 1 van 1
- PromethION: nanopore sequencer met hoge doorvoer voor DNA en RNA sequenering met lange leeslengte. (Consortium coordinator)
Projecten
1 - 10 of 26
- Ontrafelen van de rol van het immuunsysteem bij de ontwikkeling van hypergranulatieweefsel in wonden bij paardenVanaf1 jan 2024 → HedenFinanciering: BOF - doctorale mandaten
- Extracellulaire vesikels uit het follikelvocht zijn sleutelfactoren voor een betere ontwikkeling van verse en gevitrificeerde eicellen bij het paardVanaf16 okt 2023 → HedenFinanciering: BOF - postdoctorale mandaten
- qPCR systeem voor kwaliteitscontrole van NGS staalvoorbereiding, meting van genexpressie, hybridisatiecurve, en smeltcurve analyseVanaf15 dec 2022 → HedenFinanciering: BOF - wetenschappelijk apparatuurprogramma
- Cofinanciering kernfaciliteit - Gent Licht Microscopie (GLiM)Vanaf1 jul 2022 → HedenFinanciering: BOF - onderzoeksorganisaties
- Cofinanciering core facility - UGent NGS CoreVanaf1 jul 2022 → HedenFinanciering: BOF - onderzoeksorganisaties
- Modulaire high-end massaspectrometer voor ultragevoelige kwantificatie en beeldvorming van kleine organische moleculen in cross-health onderzoek - MSsmall-XHVanaf1 mei 2022 → HedenFinanciering: FWO Middelzware apparatuur
- Empirische exploratie van nieuwe DNA probes voor hybridisatie met tandem repeatsVanaf1 nov 2021 → HedenFinanciering: FWO Strategische Onderzoeksbeurs
- Nanopore-sequencing van complete farmacogenen na CRISPR/Cas9-verrijking bij tamoxifen- en clopidogrel-patiënten, waardoor verbeterde haplotypering en voorspelling van de werkzaamheid met machine learning mogelijk is.Vanaf1 okt 2021 → HedenFinanciering: BOF - doctorale mandaten
- PEA histon modificatie proteomicsVanaf1 mrt 2021 → 31 dec 2023Financiering: IOF - technologie validatie in labo
- Stimulated emission depletion microscopy (STED): Nanoscopie voor innovatief onderzoek in de levenswetenschappenVanaf1 mei 2020 → HedenFinanciering: FWO Middelzware apparatuur
Publicaties
41 - 50 van 274
- Enrichment of circulating trophoblasts from maternal blood using filtration-based Metacell (R) technology(2022)
Auteurs: Jana Weymaere, Ann-Sophie Vander Plaetsen, YASMINE VAN DEN BRANDEN, Eliska Pospisilova, Olivier Tytgat, Dieter Deforce, Filip Van Nieuwerburgh
- Microbial diversity and antimicrobial susceptibility in endotracheal tube biofilms recovered from mechanically ventilated COVID-19 patients(2022)
Auteurs: Frits van Charante, Anneleen Wieme, Petra Rigole, Evelien De Canck, Lisa Ostyn, Lucia Grassi, Dieter Deforce, Aurélie Crabbé, Peter Vandamme, Marie Joossens, et al.
- Transcriptional dynamics of gametogenesis in the green seaweed Ulva mutabilis identifies an RWP-RK transcription factor linked to reproduction(2022)
Auteurs: Xiaojie Liu, Jonas Blomme, Kenny Bogaert, Sofie D'hondt, Thomas Wichard, Dieter Deforce, Filip Van Nieuwerburgh, Olivier De Clerck
- Pre-weaning inulin supplementation alters the ileal transcriptome in pigs regarding lipid metabolism(2021)
Auteurs: Martine Schroyen, Bing Li, Ester Arevalo Sureda, Yuping Zhang, Julie Leblois, Dieter Deforce, Filip Van Nieuwerburgh, Jose Wavreille, Nadia Everaert
- ADAR1 interaction with Z-RNA promotes editing of endogenous double-stranded RNA and prevents MDA5-dependent immune activation(2021)
Auteurs: Richard de Reuver, Bartosz Wiernicki, Katrien Staes, Ellen De Meester, Tuur Muyldermans, Alexander Botzki, Filip Van Nieuwerburgh, Peter Vandenabeele, Jonathan Maelfait
- Comparative genomics of Flavobacterium columnare unveils novel insights in virulence and antimicrobial resistance mechanisms(2021)
Auteurs: Laurentijn Tilleman, Yannick Gansemans, Filip Van Nieuwerburgh, Annemieke Smet, Annemie Decostere
- Changes in DNA methylation in Arabidopsis thaliana plants exposed over multiple generations to gamma radiation(2021)
Auteurs: Pol Laanen, Eline Saenen, Mohamed Mysara, Jorden van de Walle, May Van Hees, Robin Nauts, Filip Van Nieuwerburgh, Stefan Voorspoels, Griet Jacobs, Ann Cuypers, et al.
- Characterization of the inflammatory microenvironment and hepatic macrophage subsets in experimental hepatocellular carcinoma models(2021)
Auteurs: Helena Degroote, Sander Lefere, Astrid Vandierendonck, Bart Vanderborght, Tim Meese, Filip Van Nieuwerburgh, Anja Geerts
Pagina's: 562 - 577 - Recurrent chromosomal imbalances provide selective advantage to human embryonic stem cells under enhanced replicative stress conditions(2021)
Auteurs: Liselot Mus, Stéphane Van Haver, Mina Popovic, Wim Trypsteen, Steve Lefever, Nadja Zeltner, Yudelca Ogando, Eva Jacobs, Geertrui Denecker, Ellen Sanders, et al.
Pagina's: 272 - 281 - Effect of overconditioning on the hepatic global gene expression pattern of dairy cows at the end of pregnancy(2021)
Auteurs: Osvaldo Américo Bogado Pascottini, Jenne De Koster, Filip Van Nieuwerburgh, Mario Van Poucke, Luc Peelman, Veerle Fievez, J. L. M. R. Leroy, Geert Opsomer
Pagina's: 8152 - 8163
Patenten
1 - 2 van 2
- Hydrolysis-based probe and method for STR genotyping (Inventor)
- Probe and method for STR-genotyping (Inventor)