Onderzoeker
Klaas Vandepoele
- Trefwoorden:systeembiologie, bioinformatica, Plantenbiotechnologie
- Disciplines:Datavisualisatie en high-throughput beeldanalyse, Ontologieën, datacuratie en text mining, Ontwikkeling van bio-informatica software, tools en databases, Systeembiologie niet elders geclassificeerd, Cel- en moleculaire biologie van planten, Single-cell data analyse, Analyse van next-generation sequence data, Structurele bio-informatica en computationele proteomics, Bio-informatica en computationele biologie niet elders geclassificeerd, Bio-informatica van ziekten, Bio-informatica data-integratie en netwerkbiologie
Affiliaties
- Vakgroep Plantenbiotechnologie en Bio-informatica (Departement)
Lid
Vanaf1 dec 2000 → Heden
Projecten
1 - 10 of 11 results
- Identificatie van het gen regulerende netwerken vasculaire ontwikkeling in planten - een vergelijkende benadering op single-cell resolutieVanaf1 okt 2021 → HedenFinanciering: FWO junior postdoctoraal mandaat
- Software ontwikkeling voor ontdekking en prioritizering van genen belangrijk voor plant-eigenschappen op basis van single-cell moleculaire profilering.Vanaf1 jun 2021 → HedenFinanciering: IOF - technologie validatie in labo
- Van model systeem tot gewas: een network-gebaseerde benadering voor het accuraat vertalen van biologische kennis in plantenVanaf1 okt 2019 → HedenFinanciering: BOF - Nieuwe Onderzoeksinitiatieven
- De rol van niet-coderend RNAs in trangenerationele priming tegen nematoden in rijstVanaf1 okt 2018 → HedenFinanciering: FWO mandaten
- Gecontingenteerd ZAP-ambt in Moleculaire biologie van plantenVanaf1 feb 2016 → 31 jan 2021Financiering: BOF - Andere acties
- Sekssignalisatie en evolutie van de levenscyclus bij pennate diatomeeënVanaf1 jan 2015 → 31 okt 2021Financiering: BOF - Geconcert. Onderzoeksacties vanaf 1994
- Inter-species identificatie van genfuncties in planten op basis van RNA-Seq expressiedataVanaf1 jan 2015 → 31 dec 2018Financiering: IWT persoonsgebonden financ. - specialisatiebeurzen, IWT persoonsgebonden financ. - strategische onderzoeksbeurzen
- Detectie van genen met geconserveerde functies door middel van vergelijkend transcriptoom onderzoek in plantenVanaf1 jan 2015 → 31 dec 2020Financiering: FWO Onderzoeksproject
- Regulatorische annotatie van planten genomen door middel van functionele chromatine signaturen en vergelijkende sequentieanalyseVanaf1 dec 2012 → 31 aug 2016Financiering: IWT persoonsgebonden financ. - specialisatiebeurzen
- Onderzoek naar de organisatie en conservatie van transcriptionele regulatie in planten aan de hand van experimentele high-throughput dataVanaf1 okt 2010 → 5 jan 2016Financiering: IWT persoonsgebonden financ. - specialisatiebeurzen
Publicaties
1 - 10 of 108 results
- Mating type specific transcriptomic response to sex inducing pheromone in the pennate diatom Seminavis robusta(2021)
Auteurs: Gust Bilcke, Koen Van den Berge, Sam De Decker, Elias Bonneure, Nicole Poulsen, Petra Bulánková, Cristina Maria Osuna Cruz, Jack Dickenson, Koen Sabbe, Georg Pohnert, et al.
Pagina's: 562 - 576 - Integrative inference of transcriptional networks in Arabidopsis yields novel ROS signalling regulators(2021)
Auteurs: Inge De Clercq, Jan Van de Velde, Xiaopeng Luo, Li Liu, Véronique Storme, Michiel Van Bel, Robin Pottie, Dries Vaneechoutte, Frank Van Breusegem, Klaas Vandepoele
Pagina's: 500 - 513 - A network-based comparative framework to study conservation and divergence of proteomes in plant phylogenies(2021)
Auteurs: Junha Shin, Harald Marx, Alicia Richards, Dries Vaneechoutte, Dhileepkumar Jayaraman, Junko Maeda, Sanhita Chakraborty, Michael Sussman, Klaas Vandepoele, Jean-Michel Ané, et al.
Aantal pagina's: 1 - TRAPID 2.0 : a web application for taxonomic and functional analysis of de novo transcriptomes(2021)
Auteurs: François Bucchini, Andrea Del Cortona, Lukasz Kreft, Alexander Botzki, Michiel Van Bel, Klaas Vandepoele
Aantal pagina's: 1 - Comment on U+2018Hayai-annotation plants : an ultrafast and comprehensive functional gene annotation system in plantsU+2019 : the importance of taking the GO graph structure into account(2021)
Auteurs: Michiel Van Bel, Klaas Vandepoele, Alfonso Valencia
Pagina's: 5558 - 5560 - Subfunctionalization of paralog transcription factors contributes to regulation of alkaloid pathway branch choice in Catharanthus roseus(2021)
Auteurs: Maite Colinas Martinez, Jacob Pollier, Dries Vaneechoutte, Deniz Malat, Fabian Schweizer, Liesbeth De Milde, Rebecca De Clercq, Joana G. Guedes, Teresa Martínez-Cortés, Francisco Hidalgo, et al.
Aantal pagina's: 1 - Diurnal transcript profiling of the diatom Seminavis robusta reveals adaptations to a benthic lifestyle(2021)
Auteurs: Gust Bilcke, Cristina Maria Osuna Cruz, Marta Santana Silva, Nicole Poulsen, Sofie D'hondt, Petra Bulánková, Wim Vyverman, Lieven De Veylder, Klaas Vandepoele
Pagina's: 315 - 336 - Mitotic recombination between homologous chromosomes drives genomic diversity in diatoms(2021)
Auteurs: Petra Bulánková, Mirna Sekulic, Denis Jallet, Charlotte Nef, Cock van Oosterhout, Tom O. Delmont, Ilse Vercauteren, Cristina Maria Osuna Cruz, Emmelien Vancaester, Thomas Mock, et al.
Pagina's: 3221 - 3232.e9 - Comparative genomics reveals new functional insights in uncultured MAST species(2021)
Auteurs: Aurelie Labarre, David López-Escardó, Francisco Latorre, Guy Leonard, François Bucchini, Aleix Obiol, Corinne Cruaud, Michael E. Sieracki, Olivier Jaillon, Patrick Wincker, et al.
Pagina's: 1767 - 1781 - Gene expression during bacterivorous growth of a widespread marine heterotrophic flagellate(2021)
Auteurs: Ramon Massana, Aurelie Labarre, David López-Escardó, Aleix Obiol, François Bucchini, Thomas Hackl, Matthias G. Fischer, Klaas Vandepoele, Denis V. Tikhonenkov, Filip Husnik, et al.
Pagina's: 154 - 167