< Terug naar vorige pagina

Onderzoeker

Peter De Rijk

  • Onderzoeksdoeleinden:In een vorige positie zette ik een database van ribosomale RNA sequenties en structuur op. Ik schreef software voor het opzetten en onderhouden van deze databank, en voor de predictie en vizualisatie van RNA secundaire structuur. Ik gebruikte deze databank ook voor phylogentische analyse.Mijn huidige werk omvat de design, ontwikkeling en implementatie van work-flows en software om het (genetisch) onderzoek naar complexe ziekten te verbeteren. Een belangrijk deel hiervan is de ontwikkeling van het in-house LIMS (Laboratory Information Management System), waarmee de volledige data-flow in het center beheerd wordt, gaande van sample management en klinische data tot experimentele resultaten en analyses. In dit kader ontwikkelde ik ook software voor de set-up en analysis van een diverse set aan genotyping technologies, gaande van STR analyse en Sanger sequencing tot next gen sequencing, en recent ook 3de generatie sequencing.Tijdens de analyse van enkele van de eerste volledige humane genoom sequenties ontwikkelde ik genomecomb: software om genomen te vergelijken, annoteren, filteren en valideren. Deze wordt nu nog verder gebruikt en ontwikkeld voor de analyse van sequentie data van volledige genomen, exomen en specifieke ziekte panels, en includeert nu alle stappen, gebruik makende van zowel state of the art publiek beschikbare tools als locale verbeteringen en ontwikkelingen. We zoeken hierbij altijd naar nieuwe mogelijkheden om an varianten te onderzoeken. Zo maakte ik bv. software om nieuwe miRNA genen te vinden, en om het effect van genomische varianten op de structuur en biogenese van deze miRNAs te voorspellen.
  • Trefwoorden:SEQUENTIEANALYSE, GENETICA, SECUNDAIRE STRUCTUUR VAN RNA, GENOMICA, SEQUENCING, BIO-INFORMATICA, Scheikunde
  • Disciplines:Analyse van next-generation sequence data, Bio-informatica van ziekten, Computationele evolutionaire biologie, comparatieve genomics en populatiegenomics, Ontwikkeling van bio-informatica software, tools en databases
  • Onderzoekstechnieken:Bioinformatica, zowel gebruik als ontwikkeling van nieuwe toolsGenomics and sequencing: analyse van verschillende generaties sequencing (Sanger, ngs, 3d gen), alignment, variant calling, structurele varianten, annotatie, vergelijking, effect van variantenGenetica: stambomen, linkage, associatie analyse, homozygosity mappingRNA structuur: ribosmaal RNA, (precursor) miRNADatabanken: technisch (zowel relationale als nosql databases), sequentie databanken, structuur, lims (laboratory information managment system)Moleculaire evolutie, phylogenetische bomenHigh performance computing, design van workflows
  • Gebruikers van onderzoeksexpertise:Wetenschappers, genetici, bioinformatici, biomedische onderzoekers