< Terug naar vorige pagina
Onderzoeker
Tejasvi Niranjan
- Onderzoeksexpertise (University of Antwerp):De genetische epilepsieën en epileptische encefalopathieën komen voor bij 1 op 1000 kinderen en worden veroorzaakt door defecten in een of meer genen. Meer dan tweehonderd genen zijn geïdentificeerd in deze aandoeningen, maar een specifieke genetische oorzaak kan slechts bij minder dan de helft van de patiënten worden vastgesteld. Onze groep gebruikt meerdere modaliteiten om nieuwe genetische oorzaken te identificeren, om moleculaire mechanismen verbonden aan eerder geïdentificeerde oorzaken te begrijpen en om potentiële therapeutische oplossingen te ontwikkelen. 1) Als medewerkers van het Epi25-consortium helpen we bij het recruiteren, fenotyperen en sequencen van patiënten met epileptische encefalopathieën, alsook bij de daaropvolgende data-analyse. In dit consortium hebben reeds meer dan 20.000 patiënten whole-exome sequencing ondergaan, waarbij talrijke genetische varianten zijn geïdentificeerd, waaronder kleine substituties, inserties, deleties en wijzigingen in het aantal kopieën. Onze groep zal het compendium van variantinformatie aanvullen door transponeerbare elementen te identificeren en “burden” tests uit te voeren om te bepalen of deze elementen ook kunnen bijdragen aan epilepsie. Daarnaast ontwikkelen we een pijplijn om lineaire modellering uit te voeren van zeldzame en veel voorkomende varianten in de Epi25-dataset om de statistische kracht van variante lastenanalyse te verbeteren. 2) We werken rechtstreeks samen met de epilepsiekliniek van UZA om nieuwe genetische oorzaken van epilepsie te identificeren bij patiënten waarvoor conventionele middelen geen moleculaire diagnose bieden. We analyseren momenteel datasets voor sequentiebepaling van het hele exoom en het hele genoom voor enkele tientallen patiënten. 3) Onze groep heeft uitgebreide studies uitgevoerd naar KCNQ2 epileptische encefalopathieën. Hiertoe voeren we uitgebreide moleculaire fenotypering uit (elektrofysiologie, immunocytologie) en transcriptomics (bulk RNAseq, single-cell RNA seq) voor iPSC-afgeleide neuronen van KCNQ2-patiënten. Later zullen we deze technieken ook toepassen voor andere epileptische encefalopathieën. Specifieke expertise: Ik zal mijn expertise in statistiek, computationele genomics en ervaring met de verschillende analytische methodes omtrent DNA/RNA/methylatie-sequentiebepaling, toepassen op de computationele aspecten van deze beschreven projecten.
- Trefwoorden (University of Antwerp):RNA-SEQUENCING, MEDISCHE GENOMICA, EPILEPSIE, COMPUTATIONELE METHODEN, EPILEPTISCHE ENCEFALOPATHIEËN, EXOOM-SEQUENCING, Biomedische wetenschappen
- Disciplines (Flanders Institute for Biotechnology):Analyse van next-generation sequence data, Gedragsneurowetenschappen
- Disciplines (University of Antwerp):Computationele transcriptomics en epigenomics, Single-cell data analyse, Genetische predispositie, Genetica, Neurologische en neuromusculaire ziekten
- Onderzoekstechnieken (University of Antwerp):Technieken die we in ons lab gebruiken, zijn onder meer: - celgebaseerde technieken: opstarten van iPSC-lijnen uit fibroblasten en perifeer bloed van patiënten, en verdere differentiatie naar neurons and embryoids voor in vitro neurogenetische studies - moleculaire genetica: sequencing van het hele genoom en het hele exoom met behulp van “short-read” sequencing, analyse van structurele varianten met behulp van “long-read” sequencing en single-cell RNA-sequencing - computationele biologietechnieken: voor de analyse van sequentiegegevens ik ben getraind in de toepassing van kwaliteitscontrolepijplijnen en variant-identificatie (SNP's, InDels, STR's, SV's, TE's, CNV's); ik pas “burden” testen, pathway-analyse en lineaire modellering van zeldzame en veel voorkomende varianten toe tegen kwantitatieve kenmerken
- Gebruikers van onderzoeksexpertise (University of Antwerp):Groepen die baat kunnen hebben bij het werk van ons lab zijn onder meer patiënten, clinici en onderzoekers die geïnteresseerd zijn in de genetische basis van epileptische encefalopathie