Organisatie
Laboratorium voor Computationele Biologie (VIB-KU Leuven)
Division
Het onderzoek in het Laboratorium voor Computational Biology is gericht op gen- en genoom regulatie, met toepassingen in Drosophila en kanker, en op 'integrative genomics', de ontwikkeling van computationele methoden voor genomische data integratie en analyse van 'next-generation sequence data'.
Huidige onderzoekers
1 - 10 of 21 results
- Stein Aerts (Verantwoordelijke)
- Darina Abaffyová (Lid)
- Stein Aerts (Lid)
- Sara Aibar Santos (Lid)
- Cas Blaauw (Lid)
- Carmen Bravo González-Blas (Lid)
- Florian De Rop (Lid)
- Seppe De Winter (Lid)
- Hannah Dickmänken (Lid)
- Sam Dieltiens (Lid)
Projecten
1 - 10 of 64
- Genregulatie begrijpen in een heel dier: Van het bouwen van een regulatie-atlas tot het decoderen van genregulatie met deep learningVanaf10 jan 2024 → HedenFinanciering: Eigen Middelen zoals patrimonium, inschrijvingsgelden, giften, ....
- SpaceTimeOmics: combinatie van hogedoorvoer spatial omics met AI om generegulatie te modeleren in een organisme doorheen de tijdVanaf1 jan 2024 → HedenFinanciering: FWO Onderzoeksproject (incl. WEAVE projecten)
- Interpretatie van genomische regulatorische variatie in de menselijke hersenen en de ziekte van Parkinson, door integratie van deep learning en single-cell multi-omicsVanaf1 okt 2023 → HedenFinanciering: FWO junior postdoctoraal mandaat
- Deep learning gebaseerd synthetisch ontwerp en massaal parallelle reporterassays om celtype- specifieke enhancer te karakteriseren en te benuttenVanaf1 okt 2023 → HedenFinanciering: Eigen Middelen zoals patrimonium, inschrijvingsgelden, giften, ....
- Enhancer-AI: AI-gestuurde modellering en ontwerp van celtype-specifieke versterkers voor gentherapieVanaf1 okt 2023 → HedenFinanciering: FWO Strategisch Basisonderzoek (SBO)
- Deep learning oplossingen voor het ontcijferen van genregulatie in het menselijk breinVanaf7 mrt 2023 → HedenFinanciering: FWO Strategische Onderzoeksbeurs
- De rol van door smORF gecodeerde polypeptiden bij lagere bierfermentatieVanaf1 jan 2023 → HedenFinanciering: FWO Onderzoeksproject (incl. WEAVE projecten)
- Toepassingen van deep learning voor kankergenomicaVanaf1 jan 2023 → HedenFinanciering: Eigen Middelen zoals patrimonium, inschrijvingsgelden, giften, ....
- Evolutie van de genomische regulatorische code die ten grondslag ligt aan neuronale diversiteitVanaf1 okt 2022 → HedenFinanciering: Eigen Middelen zoals patrimonium, inschrijvingsgelden, giften, ....
- SymBioSys: Analyse van de genomische heterogeneïteit via de computationele analyse van lange DNA fragmentenVanaf1 okt 2022 → HedenFinanciering: BOF - projecten
Publicaties
11 - 20 van 175
- i-cisTarget: an integrative genomics method for the prediction of regulatory features and cis-regulatory modules(2012)
Auteurs: Bram Van de Sande, Delphine Potier, Stein Aerts
- Hindsight regulates photoreceptor axon targeting through transcriptional control of jitterbug/Filamin and multiple genes involved in axon guidance in Drosophila(2015)
Auteurs: Bassem Hassan, Stein Aerts
Pagina's: 1018 - 32 - In vivo stem cell tracking using scintigraphy in a canine model of DMD(2020)
Auteurs: David Mauduit, Maurilio Sampaolesi
- Identification of High-Impact cis-Regulatory Mutations Using Transcription Factor Specific Random Forest Models(2015)
Auteurs: Dmitry Svetlichnyy, Hana Imrichova, Mark Fiers, Zeynep Kalender Atak, Stein Aerts
- Chromatin accessibility profiling methods(2021)
Auteurs: Stein Aerts
- Identification of Lineage-Specific Cis-Regulatory Modules Associated with Variation in Transcription Factor Binding and Chromatin Activity Using Ornstein-Uhlenbeck Models(2015)
Auteurs: Delphine Potier, Valerie Christiaens, Stein Aerts
Pagina's: 2441 - 55 - A Multi-Omics Analysis of Metastatic Melanoma Identifies a Germinal Center-Like Tumor Microenvironment in HLA-DR-Positive Tumor Areas(2021)
Auteurs: Yannick Van Herck, Giorgia Milli, Jasper Wouters, Lukas Marcelis, Oliver Bechter, Frederik De Smet, Francesca Bosisio
- Exome sequencing identifies mutation in CNOT3 and ribosomal genes RPL5 and RPL10 in T-cell acute lymphoblastic leukemia(2013)
Auteurs: Kim De Keersmaecker, Zeynep Kalender Atak, Carmen Vicente, Tiziana Girardi, Ellen Geerdens, Michaël Porcu, Barbara Cauwelier, Anne Uyttebroeck, Claudia Bagni, Bassem Hassan, et al.
Pagina's: 186 - 190 - Epithelial-mesenchymal transition during invasion of cutaneous squamous cell carcinoma is paralleled by AKT activation(2014)
Auteurs: Kathleen Barrette, Jasper Wouters, Vivien Marasigan, Steffen Fieuws, Patrizia Agostinis, Joost van den Oord, Maria Garmyn
Pagina's: 1014 - 1021 - Xenotransplanted Human Cortical Neurons Reveal Species-Specific Development and Functional Integration into Mouse Visual Circuits(2019)
Auteurs: Ben Vermaercke, Ryohei Iwata, Kristofer Davie, Vincent Bonin, Pierre Vanderhaeghen
Pagina's: 972 - +