Organisatie
Laboratorium voor Computationele Biologie (VIB-KU Leuven)
Division
Het onderzoek in het Laboratorium voor Computational Biology is gericht op gen- en genoom regulatie, met toepassingen in Drosophila en kanker, en op 'integrative genomics', de ontwikkeling van computationele methoden voor genomische data integratie en analyse van 'next-generation sequence data'.
Huidige onderzoekers
1 - 10 of 21 results
- Stein Aerts (Verantwoordelijke)
- Darina Abaffyová (Lid)
- Stein Aerts (Lid)
- Sara Aibar Santos (Lid)
- Cas Blaauw (Lid)
- Carmen Bravo González-Blas (Lid)
- Florian De Rop (Lid)
- Seppe De Winter (Lid)
- Hannah Dickmänken (Lid)
- Sam Dieltiens (Lid)
Projecten
1 - 10 of 64
- Genregulatie begrijpen in een heel dier: Van het bouwen van een regulatie-atlas tot het decoderen van genregulatie met deep learningVanaf10 jan 2024 → HedenFinanciering: Eigen Middelen zoals patrimonium, inschrijvingsgelden, giften, ....
- SpaceTimeOmics: combinatie van hogedoorvoer spatial omics met AI om generegulatie te modeleren in een organisme doorheen de tijdVanaf1 jan 2024 → HedenFinanciering: FWO Onderzoeksproject (incl. WEAVE projecten)
- Interpretatie van genomische regulatorische variatie in de menselijke hersenen en de ziekte van Parkinson, door integratie van deep learning en single-cell multi-omicsVanaf1 okt 2023 → HedenFinanciering: FWO junior postdoctoraal mandaat
- Deep learning gebaseerd synthetisch ontwerp en massaal parallelle reporterassays om celtype- specifieke enhancer te karakteriseren en te benuttenVanaf1 okt 2023 → HedenFinanciering: Eigen Middelen zoals patrimonium, inschrijvingsgelden, giften, ....
- Enhancer-AI: AI-gestuurde modellering en ontwerp van celtype-specifieke versterkers voor gentherapieVanaf1 okt 2023 → HedenFinanciering: FWO Strategisch Basisonderzoek (SBO)
- Deep learning oplossingen voor het ontcijferen van genregulatie in het menselijk breinVanaf7 mrt 2023 → HedenFinanciering: FWO Strategische Onderzoeksbeurs
- De rol van door smORF gecodeerde polypeptiden bij lagere bierfermentatieVanaf1 jan 2023 → HedenFinanciering: FWO Onderzoeksproject (incl. WEAVE projecten)
- Toepassingen van deep learning voor kankergenomicaVanaf1 jan 2023 → HedenFinanciering: Eigen Middelen zoals patrimonium, inschrijvingsgelden, giften, ....
- Evolutie van de genomische regulatorische code die ten grondslag ligt aan neuronale diversiteitVanaf1 okt 2022 → HedenFinanciering: Eigen Middelen zoals patrimonium, inschrijvingsgelden, giften, ....
- SymBioSys: Analyse van de genomische heterogeneïteit via de computationele analyse van lange DNA fragmentenVanaf1 okt 2022 → HedenFinanciering: BOF - projecten
Publicaties
121 - 130 van 175
- Whole-genome prediction of cis-regulatory modules and target genes yields insight into gene regulatory networks underlying sensory differentiation(2011)
Auteurs: Stein Aerts, Bassem Hassan
Pagina's: 221 - 223 - Multiplex enhancer-reporter assays uncover unsophisticated TP53 enhancer logic(2016)
Auteurs: Annelien Verfaillie, Dmitry Svetlichnyy, Hana Imrichova, Kristofer Davie, Mark Fiers, Zeynep Kalender Atak, Valerie Christiaens, Stein Aerts
Pagina's: 882 - 895 - cisTopic: cis-regulatory topic modeling on single-cell ATAC-seq data(2019)
Auteurs: Liesbeth Minnoye, Dafni Papasokrati, Valerie Christiaens, Kristofer Davie, Jasper Wouters, Stein Aerts
Pagina's: 397 - + - Tyrosine-Dependent Phenotype Switching Occurs Early in Many Primary Melanoma Cultures Limiting Their Translational Value(2021)
Auteurs: Jasper Wouters, Stein Aerts, Chris Marine
- A real-world single-centre analysis of the safety and efficacy of cladribine tablets for relapsing multiple sclerosis(2022)
Auteurs: Stein Aerts
Pagina's: 892 - 892 - Amniotic ectoderm expansion in mouse occurs via distinct modes and requires SMAD5-mediated signalling (vol 145, dev157222, 2018)(2018)
Auteurs: Mariya P Dobreva, Vanesa Abon Escalona, Kirstie A Lawson, Marina N Sanchez, Ljuba Ponomarev, Paulo NG Pereira, Agata Stryjewska, Nathan Criem, Danny Huylebroeck, Susana M Chuva de Sousa Lopes, et al.
- Dynamics and impact of TGFβ family signal interpretation on the transcriptional landscape, studied by perturbation strategies in embryonic cells(2017)
Auteurs: Ruben Dries, Danny Huylebroeck, Stein Aerts
- Unravelling enhancer landscapes in melanoma(2020)
Auteurs: Liesbeth Minnoye, Stein Aerts, Jasper Wouters, Chris Marine
- Reverse engineering cellular identity at single-cell resolution(2023)
Auteurs: Carmen Bravo González-Blas, Stein Aerts, Georg Halder
- Drosophila Voltage-Gated Sodium Channels Are Only Expressed in Active Neurons and Are Localized to Distal Axonal Initial Segment-like Domains(2020)
Auteurs: Jasper Janssens, Stein Aerts
Pagina's: 7999 - 8024