Organisatie
Laboratorium voor Computationele Biologie (VIB-KU Leuven)
Division
Het onderzoek in het Laboratorium voor Computational Biology is gericht op gen- en genoom regulatie, met toepassingen in Drosophila en kanker, en op 'integrative genomics', de ontwikkeling van computationele methoden voor genomische data integratie en analyse van 'next-generation sequence data'.
Huidige onderzoekers
1 - 10 of 21 results
- Stein Aerts (Verantwoordelijke)
- Darina Abaffyová (Lid)
- Stein Aerts (Lid)
- Sara Aibar Santos (Lid)
- Cas Blaauw (Lid)
- Carmen Bravo González-Blas (Lid)
- Florian De Rop (Lid)
- Seppe De Winter (Lid)
- Hannah Dickmänken (Lid)
- Sam Dieltiens (Lid)
Projecten
1 - 10 of 64
- Genregulatie begrijpen in een heel dier: Van het bouwen van een regulatie-atlas tot het decoderen van genregulatie met deep learningVanaf10 jan 2024 → HedenFinanciering: Eigen Middelen zoals patrimonium, inschrijvingsgelden, giften, ....
- SpaceTimeOmics: combinatie van hogedoorvoer spatial omics met AI om generegulatie te modeleren in een organisme doorheen de tijdVanaf1 jan 2024 → HedenFinanciering: FWO Onderzoeksproject (incl. WEAVE projecten)
- Interpretatie van genomische regulatorische variatie in de menselijke hersenen en de ziekte van Parkinson, door integratie van deep learning en single-cell multi-omicsVanaf1 okt 2023 → HedenFinanciering: FWO junior postdoctoraal mandaat
- Deep learning gebaseerd synthetisch ontwerp en massaal parallelle reporterassays om celtype- specifieke enhancer te karakteriseren en te benuttenVanaf1 okt 2023 → HedenFinanciering: Eigen Middelen zoals patrimonium, inschrijvingsgelden, giften, ....
- Enhancer-AI: AI-gestuurde modellering en ontwerp van celtype-specifieke versterkers voor gentherapieVanaf1 okt 2023 → HedenFinanciering: FWO Strategisch Basisonderzoek (SBO)
- Deep learning oplossingen voor het ontcijferen van genregulatie in het menselijk breinVanaf7 mrt 2023 → HedenFinanciering: FWO Strategische Onderzoeksbeurs
- De rol van door smORF gecodeerde polypeptiden bij lagere bierfermentatieVanaf1 jan 2023 → HedenFinanciering: FWO Onderzoeksproject (incl. WEAVE projecten)
- Toepassingen van deep learning voor kankergenomicaVanaf1 jan 2023 → HedenFinanciering: Eigen Middelen zoals patrimonium, inschrijvingsgelden, giften, ....
- Evolutie van de genomische regulatorische code die ten grondslag ligt aan neuronale diversiteitVanaf1 okt 2022 → HedenFinanciering: Eigen Middelen zoals patrimonium, inschrijvingsgelden, giften, ....
- SymBioSys: Analyse van de genomische heterogeneïteit via de computationele analyse van lange DNA fragmentenVanaf1 okt 2022 → HedenFinanciering: BOF - projecten
Publicaties
21 - 30 van 177
- Identification of cis-regulatory mutations generating de novo edges in personalized cancer gene regulatory networks(2017)
Auteurs: Zeynep Kalender Atak, Hana Imrichova, Valerie Christiaens, Stein Aerts
Pagina's: 80 - p53 shapes genome-wide and cell type-specific changes in microRNA expression during the human DNA damage response(2014)
Auteurs: Stein Aerts
Pagina's: 2572 - 2586 - Cross-species analysis of enhancer logic using deep learning(2020)
Auteurs: Liesbeth Minnoye, Ibrahim Ihsan Taskiran, David Mauduit, Linde Van Aerschot, Panagiotis Karras, Chris Marine, Jasper Wouters, Stein Aerts
- Dissecting the interplay of chromatin accessibility and enhancer activity(2018)
Auteurs: Jelle Jacobs, Stein Aerts, Georg Halder
- iRegulon and i-cisTarget: Reconstructing Regulatory Networks Using Motif and Track Enrichment(2015)
Auteurs: Annelien Verfaillie, Hana Imrichova, Stein Aerts
Pagina's: 2 - Fly Cell Atlas: A single-nucleus transcriptomic atlas of the adult fruit fly(2022)
Auteurs: Jasper Janssens, Kristofer Davie, Stein Aerts
Pagina's: 991 - + - Text-mining assisted regulatory annotation(2008)
Auteurs: Stein Aerts, Steven Van Vooren
- Analysis of long and short enhancers in melanoma cell states(2021)
Auteurs: David Mauduit, Ibrahim Ihsan Taskiran, Jonas Demeulemeester, Jasper Wouters, Stein Aerts
- A scalable SCENIC workflow for single-cell gene regulatory network analysis(2020)
Auteurs: Kristofer Davie, Sara Aibar Santos, Stein Aerts
Pagina's: 2247 - 2276 - Yin Yang 1 Orchestrates a Metabolic Program Required for Both Neural Crest Development and Melanoma Formation(2019)
Auteurs: Jasper Wouters, Stein Aerts
Pagina's: 637 - +