Organisatie
Laboratorium voor Computationele Biologie (VIB-KU Leuven)
Division
Het onderzoek in het Laboratorium voor Computational Biology is gericht op gen- en genoom regulatie, met toepassingen in Drosophila en kanker, en op 'integrative genomics', de ontwikkeling van computationele methoden voor genomische data integratie en analyse van 'next-generation sequence data'.
Huidige onderzoekers
1 - 10 of 21 results
- Stein Aerts (Verantwoordelijke)
- Darina Abaffyová (Lid)
- Stein Aerts (Lid)
- Sara Aibar Santos (Lid)
- Cas Blaauw (Lid)
- Carmen Bravo González-Blas (Lid)
- Florian De Rop (Lid)
- Seppe De Winter (Lid)
- Hannah Dickmänken (Lid)
- Sam Dieltiens (Lid)
Projecten
1 - 10 of 64
- Genregulatie begrijpen in een heel dier: Van het bouwen van een regulatie-atlas tot het decoderen van genregulatie met deep learningVanaf10 jan 2024 → HedenFinanciering: Eigen Middelen zoals patrimonium, inschrijvingsgelden, giften, ....
- SpaceTimeOmics: combinatie van hogedoorvoer spatial omics met AI om generegulatie te modeleren in een organisme doorheen de tijdVanaf1 jan 2024 → HedenFinanciering: FWO Onderzoeksproject (incl. WEAVE projecten)
- Interpretatie van genomische regulatorische variatie in de menselijke hersenen en de ziekte van Parkinson, door integratie van deep learning en single-cell multi-omicsVanaf1 okt 2023 → HedenFinanciering: FWO junior postdoctoraal mandaat
- Deep learning gebaseerd synthetisch ontwerp en massaal parallelle reporterassays om celtype- specifieke enhancer te karakteriseren en te benuttenVanaf1 okt 2023 → HedenFinanciering: Eigen Middelen zoals patrimonium, inschrijvingsgelden, giften, ....
- Enhancer-AI: AI-gestuurde modellering en ontwerp van celtype-specifieke versterkers voor gentherapieVanaf1 okt 2023 → HedenFinanciering: FWO Strategisch Basisonderzoek (SBO)
- Deep learning oplossingen voor het ontcijferen van genregulatie in het menselijk breinVanaf7 mrt 2023 → HedenFinanciering: FWO Strategische Onderzoeksbeurs
- De rol van door smORF gecodeerde polypeptiden bij lagere bierfermentatieVanaf1 jan 2023 → HedenFinanciering: FWO Onderzoeksproject (incl. WEAVE projecten)
- Toepassingen van deep learning voor kankergenomicaVanaf1 jan 2023 → HedenFinanciering: Eigen Middelen zoals patrimonium, inschrijvingsgelden, giften, ....
- Evolutie van de genomische regulatorische code die ten grondslag ligt aan neuronale diversiteitVanaf1 okt 2022 → HedenFinanciering: Eigen Middelen zoals patrimonium, inschrijvingsgelden, giften, ....
- SymBioSys: Analyse van de genomische heterogeneïteit via de computationele analyse van lange DNA fragmentenVanaf1 okt 2022 → HedenFinanciering: BOF - projecten
Publicaties
31 - 40 van 177
- Using cisTargetX to predict transcriptional targets and networks in Drosophila(2012)
Auteurs: Delphine Potier, Zeynep Kalender Atak, Stein Aerts
Pagina's: 291 - 314 - Robust target gene discovery through transcriptome perturbations and genome-wide enhancer predictions in Drosophila uncovers a regulatory basis for sensory specification(2010)
Auteurs: Stein Aerts, Marina Naval Sanchez, Bassem Hassan
- Single-cell transcriptomics reveals that glial cells integrate homeostatic and circadian processes to drive sleep-wake cycles(2024)
Auteurs: Joana Dopp, Kristofer Davie, El-Sayed Baz, Sha Liu
- Neuronal identity defines a-synuclein and tau toxicity(2023)
Auteurs: Roman Praschberger, Natalie Kaempf, Eliana Nachman, Stein Aerts, Patrik Verstreken
- dachshund Potentiates Hedgehog Signaling during Drosophila Retinogenesis(2016)
Auteurs: Jelle Jacobs, Stein Aerts
- TECHNOLOGICAL AND COMPUTATIONAL ADVANCEMENTS IN DROSOPHILA SINGLE-CELL OMICS(2021)
Auteurs: Kristofer Davie, Stein Aerts
- In Vivo Myoblasts Tracking Using the Sodium Iodide Symporter Gene Expression in Dogs(2020)
Auteurs: David Mauduit, Christophe Deroose, Maurilio Sampaolesi
Pagina's: 317 - 327 - Computational methods to unravel perturbed transcriptional regulation in cancer(2019)
Auteurs: Bram Van de Sande, Stein Aerts
- Melanoma addiction to the long non-coding RNA SAMMSON(2016)
Auteurs: Eleonora Leucci, Roberto Vendramin, Marco Spinazzi, Mark Fiers, Jasper Wouters, Aljosja Rogiers, Stein Aerts, Frédéric Amant, Stefan Van Aelst, Joost van den Oord, et al.
Pagina's: 518 - 22 - Functional heterogeneity of lymphocytic patterns in primary melanoma dissected through single-cell multiplexing(2020)
Auteurs: Francesca Bosisio, Yannick Van Herck, Lukas Marcelis, Jasper Wouters, Veerle Boecxstaens, Oliver Bechter, Joost van den Oord