Organisatie
Laboratorium voor Computationele Biologie (VIB-KU Leuven)
Division
Het onderzoek in het Laboratorium voor Computational Biology is gericht op gen- en genoom regulatie, met toepassingen in Drosophila en kanker, en op 'integrative genomics', de ontwikkeling van computationele methoden voor genomische data integratie en analyse van 'next-generation sequence data'.
Huidige onderzoekers
1 - 10 of 21 results
- Stein Aerts (Verantwoordelijke)
- Darina Abaffyová (Lid)
- Stein Aerts (Lid)
- Sara Aibar Santos (Lid)
- Cas Blaauw (Lid)
- Carmen Bravo González-Blas (Lid)
- Florian De Rop (Lid)
- Seppe De Winter (Lid)
- Hannah Dickmänken (Lid)
- Sam Dieltiens (Lid)
Projecten
1 - 10 of 64
- Genregulatie begrijpen in een heel dier: Van het bouwen van een regulatie-atlas tot het decoderen van genregulatie met deep learningVanaf10 jan 2024 → HedenFinanciering: Eigen Middelen zoals patrimonium, inschrijvingsgelden, giften, ....
- SpaceTimeOmics: combinatie van hogedoorvoer spatial omics met AI om generegulatie te modeleren in een organisme doorheen de tijdVanaf1 jan 2024 → HedenFinanciering: FWO Onderzoeksproject (incl. WEAVE projecten)
- Interpretatie van genomische regulatorische variatie in de menselijke hersenen en de ziekte van Parkinson, door integratie van deep learning en single-cell multi-omicsVanaf1 okt 2023 → HedenFinanciering: FWO junior postdoctoraal mandaat
- Deep learning gebaseerd synthetisch ontwerp en massaal parallelle reporterassays om celtype- specifieke enhancer te karakteriseren en te benuttenVanaf1 okt 2023 → HedenFinanciering: Eigen Middelen zoals patrimonium, inschrijvingsgelden, giften, ....
- Enhancer-AI: AI-gestuurde modellering en ontwerp van celtype-specifieke versterkers voor gentherapieVanaf1 okt 2023 → HedenFinanciering: FWO Strategisch Basisonderzoek (SBO)
- Deep learning oplossingen voor het ontcijferen van genregulatie in het menselijk breinVanaf7 mrt 2023 → HedenFinanciering: FWO Strategische Onderzoeksbeurs
- De rol van door smORF gecodeerde polypeptiden bij lagere bierfermentatieVanaf1 jan 2023 → HedenFinanciering: FWO Onderzoeksproject (incl. WEAVE projecten)
- Toepassingen van deep learning voor kankergenomicaVanaf1 jan 2023 → HedenFinanciering: Eigen Middelen zoals patrimonium, inschrijvingsgelden, giften, ....
- Evolutie van de genomische regulatorische code die ten grondslag ligt aan neuronale diversiteitVanaf1 okt 2022 → HedenFinanciering: Eigen Middelen zoals patrimonium, inschrijvingsgelden, giften, ....
- SymBioSys: Analyse van de genomische heterogeneïteit via de computationele analyse van lange DNA fragmentenVanaf1 okt 2022 → HedenFinanciering: BOF - projecten
Publicaties
41 - 50 van 177
- Identification of cis-regulatory modules encoding temporal dynamics during development(2014)
Auteurs: Delphine Potier, Stein Aerts
Pagina's: 534 - ORegAnno: an open-access community-driven resource for regulatory annotation(2008)
Auteurs: Stein Aerts, Peter Van Loo
Pagina's: D107 - D113 - Comparative motif discovery combined with comparative transcriptomics yield accurate targetome and enhancer predictions(2013)
Auteurs: Marina Naval Sanchez, Delphine Potier, Sebastian Munck, Bram Van de Sande, Valerie Christiaens, Stein Aerts
Pagina's: 74 - 88 - Toward Minimal Residual Disease-Directed Therapy in Melanoma(2018)
Auteurs: Aljosja Rogiers, Michael Dewaele, Panagiotis Karras, Daniel Brown, Maria Debiec-Rychter, Carmen Adriaens, Oliver Bechter, Joost van den Oord, Thierry Voet, Stein Aerts, et al.
Pagina's: 843 - + - Amniotic ectoderm expansion in mouse occurs via distinct modes and requires SMAD5-mediated signalling(2018)
Auteurs: Ljuba Ponomarev, Nathan Criem, Danny Huylebroeck, Stein Aerts, An Zwijsen
- Identification of cis-regulatory mutations generating de novo edges in personalized cancer gene regulatory networks(2017)
Auteurs: Zeynep Kalender Atak, Hana Imrichova, Valerie Christiaens, Stein Aerts
Pagina's: 80 - p53 shapes genome-wide and cell type-specific changes in microRNA expression during the human DNA damage response(2014)
Auteurs: Stein Aerts
Pagina's: 2572 - 2586 - Cross-species analysis of enhancer logic using deep learning(2020)
Auteurs: Liesbeth Minnoye, Ibrahim Ihsan Taskiran, David Mauduit, Linde Van Aerschot, Panagiotis Karras, Chris Marine, Jasper Wouters, Stein Aerts
- Dissecting the interplay of chromatin accessibility and enhancer activity(2018)
Auteurs: Jelle Jacobs, Stein Aerts, Georg Halder
- iRegulon and i-cisTarget: Reconstructing Regulatory Networks Using Motif and Track Enrichment(2015)
Auteurs: Annelien Verfaillie, Hana Imrichova, Stein Aerts
Pagina's: 2