Bepaling van functionele genomische varianten voor liesbreuken bij varkens

De varkenssector in België is economisch de belangrijkste subsector in de landbouw met een jaarlijkse productiewaarde van 1,5 miljard euro. Circa 11,9 miljoen varkens worden jaarlijks grootgebracht en geslacht. Uit een internationale schatting blijkt dat gemiddeld 3,2% van de varkens lijden aan een aangeboren afwijking, dit is goed voor jaarlijks 380.000 varkens in België die worden geboren met een afwijking. Het economische verlies veroorzaakt door aangeboren afwijkingen bij varkens werd geschat op 200 miljoen euro / jaar voor de EU. Liesbreuken zijn een van de meest voorkomende aangeboren defecten bij varkens. Een liesbreuk ontstaat door een defect in het lieskanaal waardoor abdominale inhoud klem kan zitten in het scrotum. Het is een aangeboren defect en het is op zijn minst gedeeltelijk genetisch bepaald, zoals blijkt uit de niet-nul schattingen van erfelijkheid. Genetische selectie is de enige manier om de problemen in verband met liesbreuken te verminderen. Chirurgie op aangetaste varkens, zoals gedaan bij honden en paarden, is niet haalbaar vanuit een economisch oogpunt en de meerderheid van de getroffen dieren zal worden geëuthanaseerd. Tot nu toe is conventionele selectie tegen dit defect gedurende vele tientallen jaren nog niet in staat geweest om deze te elimineren. Dit onderzoek wil dit probleem oplossen door gebruik te maken van state of the art  RNA en DNA sequenering technieken. Het doel is om de genoomgebieden die dit defect beheersen te identificeren, zodat fokkers in staat zijn om gericht een DNA gebaseerd fokprogramma op te zetten. Dit is een positieve ontwikkeling voor zowel dierenwelzijn en economische rendabiliteit in de varkensfokkerij. De starthypothese bij het definiëren van de genetische determinant is dat liesbreuk ontwikkeling onder de controle is van een beperkt aantal genen (polygene eigenschap) mogelijk met onvolledige penetrantie. Gebaseerd op literatuur van varkens en andere soorten, is de hypothese dat een aantal homozygote minder belangrijke allelen op meerdere loci betrokken zijn en hier wordt een associatie met bindweefselfysiologie verwacht. De methodologie omvat een dierproef waarbij het aantal aangetaste dieren wordt verrijkt. Van het nageslacht worden meerdere weefsels bemonsterd om met RNA en DNA sequenering en krachtige gecombineerde methode te bekomen om nieuwe belangrijke functionele varianten te identificeren en gekende varianten te valideren in twee varkenssoorten (Piétrain en Maximus). Er worden ook bijkomende genotypes verzameld van aangetaste varkens doorheen de sector. Deze dataset zal gebruikt worden om de resultaten te valideren. Aldus, omvat dit project een sterke, innovatieve en grondige aanpak om nieuwe functionele varianten te identificeren en gekende varianten te valideren om zo de genetische achtergrond van liesbreuken bij varkens op te klaren.