cfDNA genoom-brede methylatieprofilering voor pre-symptomatische kanker detectie en typering

Een vroege diagnose en snelle interventie zijn cruciaal om kanker te genezen. Dit project is erop gericht om een betrouwbare, gevoelige niet-invasieve kanker monitor en screeningstest te ontwikkelen. Een eenvoudig bloedstaal is voldoende voor de test. Plasma bevat circulerende korte DNA fragmenten (cfDNA). Dit DNA is afkomstig van afstervende cellen. Tumoren scheiden relatief grote hoeveelheden DNA af in het bloed. Genoom brede sequenering van cfDNA is een gevoelige methode om de aanwezigheid van copy variaties in het plasma te detecteren. Ons laboratorium heeft een methode ontwikkeld die toelaat om met een grote gevoeligheid fetale chromosomale afwijkingen bij zwangeren te identficeren. We hebben ook aangetoond dat deze methodiek met hoge gevoeligheid kankers kan detecteren. Copy neutrale kankers kunnen echter niet worden opgespoord met deze methodiek. Daarnaast detecteren we soms tumorale profielen in zwangere vrouwen, maar kan de tumor niet onmiddellijk worden gelocaliseerd. We willen hier een genoom wijde methylatie assay van cfDNA ontwikkelen en implementeren. De methylatieprofielen zijn weefselspecifiek. Op basis van de specifieke methylatiepatronen in cfDNA zullen we de oorsprong van de afwijkende profielen kunnen afleiden. Daarnaast zullen we nagaan of de methode ook copy neutrale tumoren kan opsporen. Tenslotte zal deze methode de huidige genoom brede cfDNA anlayse complementeren en de gevoeligheid voor kankerdetectie verder verhogen