COLUMBO: Een innovatieve CRISPR gebaseerde toolbox voor genomische beeldvorming op celniveau in embryogenese en oncologie

De wetenschappelijke literatuur heeft aangetoond dat tal van cellulaire processen in gezonde en zieke cellen georkestreerd worden door genomische organisatie en dynamiek. Ons begrip hiervan is echter beperkt door de limitaties van de beschikbare meettechnologieën. In dit project streven we naar een revolutie in genomisch DNA beeldvorming door een recent ontworpen CRISPR-(d) Cas9 complex (patent pending) met DNA nanotechnologieën verder te ontwikkelen tot één enkel functioneel complex, met verhoogde specificiteit, gevoeligheid en multiplexing capaciteit voor in vitro en in vivo toepassingen. De ambitie van high-throughput beeldvorming wordt ondersteund door ontwikkeling van nieuwe bioinformatica tools, geautomatiseerde microfluïdica en workflows voor beeldvorming. Dit ‘high-risk high-gain’ project met een overkoepelende impact op het gebied van oncologie, embryogenese, veroudering en neurogenese wordt ondersteund door een interdisciplinair team van 4 onderzoeksgroepen uit 3 departementen.

Trefwoorden:CRISPR-Cas9, Transcriptoomanalyse, Xenobiotische nucleotiden en XNA, Embryogenese, Microfuïdica, Single cel beeldvorming en analyse, DNA en proteïne engineering, kanker, Artificiële intelligentie, Bioinformatica

Disciplines:Medische moleculaire engineering van nucleïnezuren en eiwitten, Microfluïdica / flow chemie, Genetica, Single-cell data analyse, Datavisualisatie en high-throughput beeldanalyse, Celdeling, Ontwikkelingsbiologie, Embryologie, Kankerbiologie, Medische genomics, Medische transcriptomics, Bio-informatica data-integratie en netwerkbiologie, Computationele biomodellering en machine learning, Computationele transcriptomics en epigenomics