Combineren van CRISPR screening en single-cell RNA sequencing voor het ontrafelen van de mechanismen van T-cel acute lymfatische leukemie

Het doel van dit project is het gebruiken van een CRISPR/Cas9 inactivatie screen van 83 genen die recurrent geïnactiveerd zijn in T-cel acute lymfatische leukemie (T-ALL). Deze screen zal uitgevoerd worden in combinatie met single-cell RNA-sequencing, zodat het effect op genexpressie gebruikt kan worden al read-out voor de screen.

In het eerste deel zal de impact onderzocht worden van enkelvoudige gen perturbaties op de cellulaire processen en willen we de gelijkenissen en verschillen tussen verschillende perturbaties karakteriseren.

Ten tweede zal onderzocht worden hoe meerdere genen samenwerken in de ontwikkeling van T-ALL. We zullen onderzoeken wat het effect is van de inactivatie van de 83 mogelijke tumor suppressor genen op de genexpressie profielen die gedreven worden door voorname oncogene transcriptiefactoren in T-ALL. Verder zal ook onderzocht worden hoe meerdere genperturbaties de cellulaire processen beïnvloeden.