De rol van oude genomische variatie in snelle adaptatie.

De honderden nauw verwante, maar ecologisch zeer diverse cichlide vissoorten in het Malawimeer vormen een uitzonderlijk kans om de genetische mechanismen te bestuderen die gepaard gaan met snelle adaptatie en diversificatie. We hebben onlangs ontdekt dat cichliden uit het Malawimeer regio's in het genoom herbergen met een uitzonderlijk hoge genetische diversiteit. In dit project zal de student recente sequentiegegevens van het volledige genoom van honderden cichliden uit het Malawimeer analyseren om de evolutionaire oorsprong van deze genetische regio's met een hoge genetische diversiteit te identificeren. De student zal o.m. testen of deze genetische varianten in de voorouders van cichliden uit het Malawimeer ontstaan zijn door hybridisatie met een afwijkende afstammingslijn en of deze variatie is behouden door evenwichtige selectie. In een tweede stap zal de student methoden uit de populatie genetica gebruiken om de rol van deze genetische varianten in ecologische aanpassing en soortvorming van cichliden te achterhalen. Een specifieke toepassing hiervan is de recente aanpassing van populaties aan intensieve visvangst. Voorlopig bewijs suggereert dat genetische variatie in regio's met een hoge voorouderlijke diversiteit onder differentiële selectie valt tussen zwak en zwaar beviste populaties. De student gebruikt statistische technieken uit de genetica om de hypothesen te testen.

Trefwoorden:GENOOMSEQUENTIE

Disciplines:Populatie, ecologische en evolutionaire genetica