Drosophila allograft screening om cis-regulerende variatie in kankergenomen te identificeren.

Titel: Ontrafelen van de interacties tussen chromatin openheid en enhancer activiteit

Enhancers werken als docking platformen voor combinaties van transcriptie factoren om gen expressie te controleren. Het is tot dusver niet duidelijk hoe de sequentie van een enhancer het nucleosoom patroon bepaald, transcriptie factoren recruteerd and transcriptie activeert in vivo. Door gebruik te maken van ATAC-seq op een pannel van Drosophila lijnen hebben we gevonden dat mutaties die een Grainyhead binding motief aanpassen, direct de accessibiliteit van de hele regio aanpassen in epithelia. Verdere opvolg experimenten maakten duidelijk dat Grainyhead een pioneer factor is van het epithelial open chromatin landscap, in Drosophila en wellicht ook in de mens.