Een genomische aanpak voor schurftgevoeligheid in het Belgisch Wit-Blauwe ras

Tegenwoordig wordt het gebruik van genomische analyses steeds toegankelijker, zo ook voor onze lokale runder- en schapenrassen in België. Een van de meest frequent gebruikte methodes is de single nucleotide polymprohism (SNP) genotyperings chip. Omdat deze technologie algemeen beschikbaar en betaalbaar is geworden, kan deze technologie op grotere schaal gebruikt worden om onze kleinere rassen te ondersteunen. In dit doctoraatsonderzoek wordt het gebruik van deze SNP-data besproken op drie verschillende vlakken: 1)  het correct gebruik van deze gegevens voor inteelt-schattingen, 2) het onderzoeken van de genetische diversiteit van een Belgisch schapenras en twee Belgische runderrassen, en 3) het gebruik van deze data voor onderzoek naar de genetische basis van het Belgisch Witblauw (psoroptes schurft).

Ten eerste is het belangrijk om de mate van inteelt correct in te schatten. Een van de meest gebruikte methodes is het onderzoeken van zogenaamde runs of homozygosity (ROH). Dit doctoraatsonderzoek formuleert aanbevelingen voor de detectie van deze ROH’s. Bovendien worden ROH vaak gebruikt om genomische regio's met hoge mate van inteelt, zogenaamde ROH-eilanden, te detecteren. In dit onderzoek werden openbare SNP-genotypen van meer dan 440 verschillende populaties verzameld om ROH-eilandanalyses uit te voeren.

Ten tweede kunnen SNP genotypes gebruikt worden om de genetische diversiteit van lokale schapen- en rundveepopulaties te onderzoeken. Dit doctoraatsonderzoek bestudeert en bespreekt de genetische diversiteit van het Belgische Melkschaap en de Belgische Rood en Belgische Wit Rood rund. Aangezien de beoordeling van genetische diversiteit van vitaal belang is voor het voortbestaan van rassen op de lange termijn, zullen deze resultaten de stamboeken helpen om genetische diversiteit te bewaren.

Ten derde kunnen SNP-genotypen ook worden gebruikt om de genetische basis van ziektes of aandoeningen in onze lokale rassen te onderzoeken. Dit doctoraatsonderzoek bestudeert de gevoeligheid voor psoroptische schurft bij Belgisch witblauw. Deze aandoening komt relatief veel voor binnen het ras en leidt tot een afname van het dierenwelzijn en economische verliezen. Omdat Belgisch witblauw gevoeliger is dan andere rundveerassen, wordt al lang gesuggereerd dat er een genetische basis is voor deze (over)gevoeligheid. Dit doctoraatsonderzoek heeft dan ook aangetoond dat de nt821(del11) mutatie in het myostatine-gen (MSTN), dat verantwoordelijk is voor dubbele spiermassa, geassocieerd is met een verhoogde gevoeligheid voor psoroptische schurft. Er kunnen echter ook andere genetische factoren zijn die bijdragen aan deze vatbaarheid. Deze worden in dit vervolgens bestudeerd met behulp van een erfelijkheidsanalyse en een genoomwijde associatiestudie.