< Terug naar vorige pagina

Project

Integratie van ruimtelijke heterogeniteit met temporele en demografische inferentie, met als applicatie het bestrijden van hondsdolheid bij mensen

Genoomanalyses zijn essentieel voor het bestuderen van de evolutie en verspreiding van pathogenen, en ruimtelijke diffusie modellen vormen een belangrijke hoeksteen voor het onderzoeksdomein van de fylogeografie, waarin fylogenetische bomen geannoteerd worden met de (ancestrale) locaties van staalname. De huidige diffusiemodellen zijn echter vrij eenvoudig en houden geen rekening met omgevingskenmerken. In dit onderzoeksvoorstel wensen we nieuwe diffusiemodellen te ontwikkelen die heterogeneïteit inzake omgeving accommoderen om fylogenetische reconstructie meer accuraat en realistisch te laten verlopen. We zullen hiervoor gebruik maken van het BEAST raamwerk dat toelaat om tijdsgebaseerde fylogenetische bomen te schatten. Dit raamwerk zal uitgebreid worden met nieuwe statistische en computationele technieken om de evolutie en verspreiding van pathogenen op een efficiënte manier te reconstrueren. Om de resultaten van dergelijke reconstructies te visualiseren en de impact van omgevingsvariabelen te bestuderen, zullen we een gebruiksvriendelijke en interactieve software applicatie ontwerpen om het gedrag van pathogenen in kaart te brengen. Dit onderzoeksproject is van groot belang om de huidige kennis omtrent de factoren die de verspreiding van pathogenen beïnvloeden te identificeren, en we zullen deze kennis gebruiken om een nieuw raamwerk te creëren dat toelaat om nieuwe interventiestrategieën voor te stellen en te evalueren, en zich niet beperkt tot enkel hondsdolheid.

Datum:1 jan 2021 →  Heden
Trefwoorden:human rabies, phylogeography, web-based visualization platform
Disciplines:Datavisualisatie en high-throughput beeldanalyse, Computationele evolutionaire biologie, comparatieve genomics en populatiegenomics, Epidemiologie, Fylogenie en vergelijkende analyse, Biogeografie en fylogeografie