Titel Promotor Affiliaties "Korte inhoud" "Verkenning van de gevolgen van nucleaire enveloppe stress in kankercellen." "Winnok De Vos" "Laboratorium voor celbiologie en histologie" "Een gewijzigde kernvorm is een definiërende eigenschap van kankercellen, maar het verband met ziekte ontwikkeling is onduidelijk. Recente observaties suggereren dat nucleaire dysmorfie samenhangt met een verhoogd risico om breuken in de kernmembraan op te lopen. Deze zogenaamde kernrupturen verstoren tijdelijk de kerncompartimentalisatie, maar veroorzaken tevens DNA schade. Bijgevolg kan deze vorm van nucleaire enveloppe (NE) stress bijdragen aan genoominstabiliteit waardoor het een belangrijke opkomende eigenschap van kanker zou kunnen vertegenwoordigen. Om een beter inzicht te verwerven in de bijdrage van NE stress tot het carcinogeen process, zal een systematisch onderzoek naar de korte- en lange-termijnsgevolgen worden gevoerd. Meer bepaald, zullen de wijzigingen op het transcriptoom en genoom worden geanalyseerd na een gerichte inductie van NE stress. Op deze manier wordt een overkoepelend beeld verworven van de impact van NE stress op cellulaire homeostase. Bovendien kan dit werk ook bijdragen aan de identificatie van nieuwe synthetisch letale doelwitten die zouden kunnen benut worden in klinische applicaties." "Een studie van de plasmodium vivax reticulocyt invasie-pathways en ligand kandidaten, met speciale aandacht voor de veelbelovende PvTRAg en PvRBP multigen families." "Universidad Peruana Cayetano Heredia, Instituut voor Tropische Geneeskunde Antwerpen (ITG), ADReM Data Lab (ADReM)" "Plasmodium vivax is een van de 5 soorten die verantwoordelijk is voor malaria in de mens, en de voornaamste oorzaak van malaria buiten Afrika. Een essentiële stap tijdens de infectie door P. vivax is de invasie van reticulocyten (jonge rode bloedcellen) door de parasiet. Deze invasie wordt mogelijk gemaakt door verschillende interacties tussen gastheer receptoren (op de reticulocyt membraan) en parasietliganden. Hoewel deze interacties zeer goed bestudeerd zijn in Plasmodium falciparum, is er maar weinig geweten (en zijn ze niet vergelijkbaar) in P. vivax, omdat een cultuursysteem voor lange termijn culturen in P. vivax ontbreekt. Nochtans is de identificatie van parasietliganden en het karakteriseren van pathways die de parasiet gebruikt om de reticulocyt te invaderen essentieel voor de ontwikkeling van geneesmiddelen en vaccins, wat daarom de vraag is die aan de basis ligt van dit project. Om P. vivax te kunnen elimineren is een beter begrip van de invasieliganden nodig. Onze hypothese stelt dat verschillende pathways gebruikt worden door P. vivax om reticulocyten te invaderen, en dat de PvTRAg en PvRBP multigenische families belangrijke invasieliganden bevatten. Dit zal daarom de eerste studie worden die nieuw gekarakteriseerde P. vivax invasiefenotypes met transcriptoom en (epi-) genomische data zal integreren in isolaten uit het veld. Dit project zal een grote vooruitgang betekenen voor de kennis over de rol en regulatie van de PvTrag en PvRBP families tijdens P. vivax invasie en de mogelijkheid geven om nieuwe liganden te ontdekken. Kandidaatliganden zullen worden gevalideerd met ex vivo invasieassays, en zullen ons finaal helpen om de meest geschikte geneesmiddel en vaccinkandidaten te identificeren." "ELIXIR Infrastructuur voor Data en Services om Life-Sciences Onderzoek in Vlaanderen te versterken" "Immunologie & Infectie, Immunologie - Biochemie, Centrum voor Statistiek" "In de levenswetenschappen staat data centraal. Het steunt op het genereren, delen en het geïntegreerd analyseren van enorme hoeveelheden digitale data. Door de beschikbare data in levenswetenschappen te combineren, wordt nieuwe kennis gegenereerd. Dit zorgt voor een drastische transformatie van biologisch onderzoek. ELIXIR is een Europese onderzoeksinfrastructuur die internationale resources in levenswetenschappen samenbrengt tot een geïntegreerde infrastructuur die onderzoekers toelaat om data en expertise uit te wisselen alsook toegang verschaft tot geavanceerde software en computationele resources, over disciplines en nationale grenzen heen. De Belgische ELIXIR Node biedt een breed spectrum van services aan met een focus op menselijke genetica, proteïne en plant onderzoek alsook training en software tools om management en analyse van onderzoeksdata te vereenvoudigen. Ons doel is dat onderzoekers in Vlaanderen en België zich kunnen concentreren op hun wetenschappelijke probleemstelling in plaats van op technische details in verband met data, compatibiliteit en rekenkracht door het aanbieden van aangepaste oplossingen, geïntegreerd in een Europese infrastructuur." "Ontgrendelen van het TCR repertoire voor gepersonaliseerde kanker immuuntherapieën." "Centrum voor Oncologisch Onderzoek (CORE), Laboratorium voor Experimentele Hematologie (LEH), ADReM Data Lab (ADReM)" "Kanker is wereldwijd een van de belangrijkste doodsoorzaken. In de afgelopen decennia zijn nieuwe therapieën ontwikkeld die gericht zijn op het immuunsysteem van de patiënt om een ​​antitumorreactie op te zetten. De effectiviteit van deze immunotherapieën is al in verschillende klinische onderzoeken aangetoond. Niettemin vertonen deze therapieën een grote variatie in hun werkzaamheid, zodanig dat sommige patiënten goed reageren op de therapie, terwijl andere dat niet doen. In dit project gaan we de verschillen tussen de T-celreceptor (TCR) repertoires van responders en niet-responders onderzoekers naar mogelijke merkers die een voorspellende waarde hebben voor de klinische response van de therapie. We zullen dataminingmethoden en nieuw ontwikkelde immuno-informatica software toepassen om die eigenschappen bloot te leggen die van een patiënt een klinische responder of non-responder maken. Dit zal het onderliggende mechanisme van DC-gebaseerde vaccinreactiviteit onthullen. Dit kan de algemene gezondheidszorg in termen van gepersonaliseerde geneeskunde mogelijk versnellen en op termijn kosten besparen." "Datamining van multi-omics interactiedata om de determinanten en evolutie van gastheer-pathogeeninteracties bloot te leggen." "ADReM Data Lab (ADReM)" "De relatie tussen ziekteverwekkers en hun gastheer is vaak complex en hun evolutionaire wapenwedloop ingewikkeld. Subklinische infecties komen vaak voor; host-organismen worden geïnfecteerd door een normaal ziekteverwekkende pathogeen, maar er worden geen symptomen vertoond. Op deze manier beschikken ziekteverwekkers over natuurlijke reservoirs van asymptomatische dragers die kunnen helpen in de transmissie naar gevoelige gastheren. Het doel van dit fundamentele onderzoek is inzicht te verwerven in de algemene moleculaire mechanismen die ten grondslag liggen aan waarom sommige diersoorten - of zelfs sommige individuen - na infectie met specifieke ziekteverwekkers meestal asymptomatisch blijven, terwijl anderen evolueren naar een symptomatische ziekte. Hiertoe zal een grote collectie van pathogeen-gastheer interactie netwerken worden opgezet voor zowel symptomatisch als asymptomatisch gastheren. State-of-the-art datamining methoden zullen worden toegepast om de regels en patronen te ontdekken in de interactie netwerk die geassocieerd zijn met ziektegevoeligheid. Tot slot zullen deze patronen worden gefilterd en gevalideerd met behulp van geïntegreerde multi-level 'omics informatie afkomstig van zowel de ziekteverwekker en de gastheer soorten. De resultaten van dit project zullen leiden tot zowel nieuwe methodologie om eerder gekarakteriseerde gastheer-pathogeen interacties te bestuderen, alsook tot fundamentele nieuwe inzichten in de biologische drivers van ziektegevoeligheid." "Een multi-omic benadering om gendosering in Leishmania te karakteriseren." "Departement Biomedische Wetenschappen - overige, ADReM Data Lab (ADReM)" "Leishmania is een protozoaire parasite met een opmerkelijke toleratie voor aneuploïdie. Dit staat in scherp contrast met andere organismen, waar aneuploidy meestal zeer nadelige effecten heeft. Het gevolg van aneuploïdie is dat alle genen van een geaffecteerd chromosoom een abnormale 'gene dosage' (aantal kopieën van een gen) hebben, vergeleken met de (normale) euploïde situatie. In een vorige studie toonden we reeds aan dat de meerderheid van transcripten en proteinen deze gene dosage veranderingen volgen. Voor een beperkt aantal transcripten en proteinen is dit echter niet het geval en deze 'compensatie' treedt op door een nog onbekend mechanisme. Dit project onderzoekt (i) of gene dosage compensatie optreedt door veranderingen in transcript stabiliteit, translatie-efficientie, en/of proteïne stabiliteit en door welke bio-moleculaire eigenschappen dit gemedieerd wordt. (ii) of gene dosage compensatie regulatie gemoduleerd wordt tussen verschillende levensstadia van de parasiet. Hiervoor zullen we eerst de relatieve bijdrage van elke regulatielaag bepalen tot de totale compensatie en met deze informatie een conceptueel model opstellen van dosage compensatie in Trypanosomatiden. Dit is de eerste integratieve multi-omic studie die dosage compensatie onderzoekt in Leishmania, maar ook in Trypanosomatiden in het algemeen. Deze studie zal leiden tot nieuwe inzichten in hoe compensatie gereguleerd wordt in aneuploïde cellen, en zal onderzoeken of er een levens-cylus specifieke component aanwezig is die deze mechanismen moduleert. Omdat deze fundamentele mechanismen nog onvolledig gekend zijn in alle Eukaryoten kan deze studie mogelijk ook leiden tot het ontrafelen van (mogelijk nog onbekende) regulatiemechanismen in Eukaryoten." "Sferische deconvolutie van hoogdimensionele diffusie MRI voor verbeterde microstructurele beeldvorming van de hersenen." "Jan Sijbers" Visielab "Multi-tissue sferische deconvolutie van diffusie MRI (dMRI) is een populaire analysemethode die de volledige witheidsvezel-oriëntatiedichtheidsfunctie en de dichtheden van hersenvocht en grijze-stofweefsel in het levende menselijke brein, volledig niet-invasief, biedt. Het kan worden gebruikt om de langeafstandsverbindingen van de hersenen te volgen en biedt een tractenspecifieke biomarker voor neuronaal verlies bij de studie van neurodegeneratieve ziekten. Momenteel kan de techniek worden beschouwd als een macroscopische benadering: het splitst de dMRI-voxels op in termen van weefsels in plaats van cellulaire componenten, waarbij de laatste potentieel relevantere biomarkers zijn. Ongelukkigerwijze hebben recente studies aangetoond dat conventionele laag-dimensionale dMRI-scans de informatie missen om deze microstructurele kenmerken op te lossen. In dit voorstel zal ik multi-tissue sferische deconvolutie naar het volgende (microscopische) niveau brengen door gebruik te maken van hoog-dimensionale dMRI-scans. Deze scans van de volgende generatie hebben veel belofte getoond om verschillende microstructurele compartimenten te ontwarren. De nieuwe sferische deconvolutiebenadering met meerdere compartimenten maakt simultane schatting mogelijk van een hoge kwaliteit axonale oriëntatiedichtheidsfunctie evenals de dichtheden van cellichamen en extracellulaire ruimte. Dit zal hoogwaardige vezeltracking mogelijk maken en tegelijkertijd meer relevante biomarkers verschaffen, en zal sferische deconvolutie helpen om zijn positie als een van de gereedschappen voor dMRI-analyse te behouden." "FWO reiskrediet voor een lang verblijf in het buitenland aan de Ithaca College 17/08/2018-16/02/2019 en Princeton University 17/02/2019-16/08/2019." "Niel HENS" "Centrum voor Statistiek" "Biologische processen die leiden tot transmissie van ziektes tussen gastheersoorten vormen een belangrijk onderzoeksveld bij epidemiologen en ecologen. Co-pathogenen worden geacht een sterke invloed te hebben op de kans dat een pathogeen succesvol overgedragen wordt van zijn normale gastheersoort naar een nieuwe. Dit FWO-krediet ondersteunt Dr. Heylens MSCA fellowship dat als doel heeft mathematische en theoretische modellen te ontwikkelen rond de effecten van co-pathogenen op de transmissie van ziektes bij dieren in het wild." "Direct uitlezen van lange individuele DNA moleculen: grensverleggend biologisch en medisch onderzoek." "Surbhi Malhotra" "Instituut voor Globale Gezondheid (GHI), Sociale Epidemiologie & Gezondheidsbeleid (SEHPO), Laboratorium voor Medische Microbiologie (LMM), Laboratorium Experimentele geneeskunde en Pediatrie (LEMP)., Epidemiologie en sociale geneeskunde (ESOC), Proteïnechemie, proteoomanalyse en epigenetische signalisatie (PPES), Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)" "Dit project heeft als doel de huidige sequentie infrastructuur, beschikbaar aan de Universiteit Antwerpen (UA), naar een volgend niveau te tillen door middel van de aankoop van een derde generatie sequentie (3GS) platform. Het toppunt van deze derde generatie sequencers, de PacBio Sequel, maakt gebruik van het natuurlijk replicatieproces om individuele DNA moleculen uit te lezen tijdens het replicatieproces. 3GS opent op die manier nieuwe deuren voor sequentie-gebaseerd onderzoek voor dit consortium dat bestaat uit 14 UA onderzoeksgroepen uit verschillende vakgebieden zoals geneeskunde, biologie en bioinformatica. Bijkomend hebben een aantal derde partijen toegezegd deze technologie te willen gebruiken voor hun lopende en toekomstige onderzoeksprojecten. Binnen dit consortium zal 3GS gebruikt worden om prokaryote en eukaryote genomen te sequeneren, inclusief moeilijk te sequeneren deelgebieden, nieuwe genen en mutaties te identificeren in diverse zeldzame Mendeliaanse stoornissen, epigenetische modificaties te identificeren om aldus een beter begrip te krijgen van biologische processen zoals genexpressie en gastheer-pathogeen interacties, het microbioom van de mens, muis en omgeving in kaart te brengen en dit in relatie met bepaalde ziektebeelden en verschillende stresfactoren uit de omgeving, nieuwe preventiestrategieën te ontwikkelen voor infectiegeassocieerde ziekten met het oog op betere doelwitten voor medicijnen. De analyse van de grote hoeveelheden genoom en transcriptoom data van de verschillende onderzoeksgroepen zal gecoördineerd worden door de UZA/UA bioinformatica groep Biomina" "Systeembiologische analyse van niche adaptatie bij resistent en virulente Salmonella pathogenen." "ADReM Data Lab (ADReM)" "Het doel van dit PhD-project is om het proces van niche adaptatie bij Salmonella te bestuderen vanuit een systeembiologisch perspectief. Momenteel wordt niche adaptatie vooral bestudeerd op het niveau van het genoom, met de focus op coderende genen. Dit doctoraat zal zich toespitsen op het transcriptoom, en meer bepaald op de integratie van beide niveaus. Finaal zullen de bevindingen gemodelleerd worden met machine-learning technieken, hetgeen ons zal toelaten niche adaptatie veel breder te bestuderen. De methodologie zal getest worden op een specifiek Salmonella serotype, genaamd Salmonella Concord, dat we als paradigma gebruiken voor het huidige probleem van bloedstroominfecties met multiresistente Salmonellae in Sub-Sahara Africa."