Titel Promotor Affiliaties "Korte inhoud" "From gene to function: Unraveling the molecular mechanisms of Alzheimer-associated ABCA7 risk variants in microglia biology" "Renzo Mancuso" "Renzo Mancuso Lab" "Examining the underlying molecular mechanisms that drive Alzheimer’s disease (AD) and Frontotemporal degeneration (FTD), with special focus on inflammatory networks and particularly the contribution of microglia." "AN INTEGRAL TECHNOLOGY FOR THE SPECTROSCOPIC IN-SITU ANALYSIS OF THE MOLECULAR RESPONSE OF BIOLOGIC MATERIAL ON ULTRASONIC EXCITATION" "Martine Wevers" "Structurele Materialen, Structurele Materialen (SCALINT)" "Ultrasone golven kunnen op verschillende manieren met biologische materie interageren. In geval van ultrasone diagnose en moleculaire akoestiekgebeurt dit op een inerte, niet destructieve manier, en bij ultrasone therapie wordt ultrageluid gebruikt om fysiologische effecten te stimuleren. Een literatuurstudie wijst uit dat onderzoeksgroepen die ultrageluidin biologische en biochemische projecten inschakelen meestal met akoestische standaard-apparatuur werken, waarbij niet alle akoestische parameters onder controle gehouden of gemeten kunnen worden. Het hier voorgestelde project heeft tot doel een opstelling te realiseren om het moleculaire gedrag van bio-membranen en eiwit-aggregaten in-situ onder ultrasone excitatie te onderzoeken. Infrarood spectroscopie zal worden ingeschakeld om de moleculaire respons te bepalen. Het innovatieve aspect van dit project bestaat er dus in de stalen niet eerst onder ultrasone excitatie te plaatsen om achteraf de fenomenologische of moleculaire effecten te analyseren (zoals in de literatuur meestal toegepast), maar moleculaire effecten onder ultrasone excitatie simultaan te detecteren. Er bestaat dus nauwelijks literatuur over studies over in-situ en tijdsopgeloste (time-resolved) methodes. Dit is waarschijnlijk te wijten aan een aantal inherente moeilijkheden om ultrasone excitatie en spectroscopische detectie te combineren. Ultrasone en spectroscopische parameters moeten zodanig op elkaar worden afgestemd, dat zeniet ongunstig met elkaar interfereren en dat het hele systeem thermodynamisch en mechanisch onder controle blijft." "Ecologie en moleculaire biologie van bacteriële adaptatie aan pesticiden" "Dirk Springael" "Microbiële en Plantengenetica (CMPG), Afdeling: Centrum voor Microbiële en Plantengenetica, Bodem- en Waterbeheer" "Pesticiden zijn onmisbaar voor een stabiele voedselvoorziening en het gebruik ervan neemt wereldwijd toe.  Ze vormen echter een belangrijk milieuprobleem vanwege hun recalcitrant karakter en hun toxiciteit voor niet-doelwitorganismen, en ondanks de steeds strengere regelgeving, blijven pesticiden op vele locaties de opgelegde drempelwaarden voor grond- en oppervlaktewater overschrijden. Om dit persistentievraagstuk aan te pakken, is een beter begrip van het lot van pesticiden en hun residuen in het milieu essentieel. Bacteriële biologische afbraak bepaalt in belangrijke mate dat lot en vormt de enige route voor hun volledige verwijdering. De bacteriële biologische afbraak van pesticiden werd uitgebreid bestudeerd en toch blijft het werkelijke afbraakpotentieel in complexe omgevingen zoals bodem onvoldoende begrepen, evenals de ogenschijnlijk snelle evolutionaire trajecten die leiden tot de afbraakwegen die bacteriën in staat stellen pesticiden te gebruiken als groeisubstraat. Het doel van dit doctoraat was om meer inzicht te krijgen in de bacteriële ecologie van pesticideverwijdering en in de bacteriële aanpassing wat betreft de afbraak van pesticiden in bodems en in on-farm biozuiveringssystemen (BPS's) die worden gebruikt in de behandeling van pesticide verontreinigd afvalwater op boerderijen.Het eerste deel van de studie beöogde na te gaan of de eerdere blootstelling van een landbouwgrond aan het fenylureumherbicide linuron resulteerde in een genetisch geheugen voor linuron-biodegradatie in de bacteriële gemeenschap. Bovendien werd onderzocht of linuron-afbrekende bacteriën behorend tot het genus Variovorax, eerder geïsoleerd en geïdentificeerd als linuron-afbeker, instrumenteel zijn voor dat genetische geheugen of eerder slechts artefacten zijn van de isolatieprocedure. Daartoe werden de in situ afbrekende organismen van linuron voor het eerst bepaald door de cultivatie-onafhankelijke “DNA-stabiele isotoop-probing” (DNA-SIP) technologie in combinatie met 16S rRNA-genamplicon-sequenering, dit naast klassieke kweekafhankelijke isolatie. Beide benaderingen resulteerden in de toewijzing van Variovorax als sleutel linuron-afbrekers en dus als de sleutel voor het behoud van het genetische geheugen van linuron-degradatie in de onderzochte bodem dit ondanks periodes zonder linuronbehandeling. De resultaten bevestigden daarmee de besluiten van eerdere studies en het belang van het genus Variovorax voor in situ linuron-verwijdering in de onderzochte bodem. Desalniettemin vertegenwoordigden de twee nieuwe linuron-afbrekende Variovorax isolaten, genotypen die verschilden van deze geïdentificeerd via DNA-SIP en vormen ze een voorbeeld van het mogelijk vertekende beeld van klassieke cultivatie-afhankeljke isolatiemethodes.   Het tweede deel van de studie richtte zich op het identificeren van de in situ linuron-afbrekers in een BPS-omgeving. Net als in het eerste deel werd hiertoe DNA-SIP toegepast en werden parallel, vanuit hetzelfde materiaal, BPS-materiaalvrije aanrijkingsculturen bestudeerd. DNA-SIP identificeerde, naast Variovorax, ook Ramlibacter als sleutelorganisme in in situ linuron-degradatie, een organisme dat voordien nooit in verband werd gebracht met linuron-biodegradatie. De aanrijkingsculturen daarentegen bestonden uit gemeenschappen gedomineerd door Variovorax maar die geen Ramlibacter bevatten wat wederom het vertekend beeld van cultivatieafhankelijke technieken aangeeft. Bovendien toonde DNA-SIP de betrokkenheid in in situ linuron-afbraak van verschillende genen eerder gekoppeld aan linuron-katabolisme in Variovorax en hun waarschijnlijke inbedding in IS1071-composiettransposons en IncP-1-plasmiden.In het laatste deel van de studie werd de rol van linuron-gepreconditioneerde bacteriële gemeenschappen in de afbraak van de structureel gelijke verbindingen chloorprofam en chloortoluron onderzocht om inzicht te krijgen in de rol van het genetisch geheugen voor linuron-afbraak bij adaptatie, bijvoorbeeld door uitwisseling van complementaire katabole genmodules. Het met linuron gepreconditioneerde BPS-materiaal bestudeerd in deel twee, werd gebruikt als modelsysteem vanwege het eerder bevestigde genetische geheugen voor linuron-biodegradatie. Daarnaast fungeerden niet-gepreconditioneerd BPS-materiaal en een zelfgemaakt BPS-materiaal nooit eerder aan pesticiden blootgesteld (benoemd als OF/O) als controles. De drie materialen werden regelmatig gedoseerd met chloorprofam en chloortoluron dit gedurende 17 maanden en gecontroleerd op de mineralisatie van het respectievelijke pesticide, terwijl de organismen/genfuncties betrokken bij de afbraak geïdentificeerd werden door DNA-SIP en cultivatieafhankelijke aanrijking. De resultaten toonden een positief effect van linuron-preconditionering op de mineralisatie van chloorprofam en chloortoluron. De waargenomen effecten werden echter verklaard door een reeds aanwezige capaciteit om deze verbindingen af te breken gemedieerd door een subset van de aanwezige linuron-afbrekers eerder dan door genetische uitwisseling. Dit werd bevestigd door de waargenomen vertraagde mineralisatieactiviteit voor beide verbindingen in het OF/O-materiaal en het voorkomen van identieke afbrekers in alle materialen. De DNA-SIP-analyses identificeerden verder nooit eerder vermelde genera als afbrekers voor alle geteste verbindingen en suggereerden dat het substraatbereik van de linuronhydrolase LibA chloorprofam omvat.De bekomen resultaten breiden onze kennis uit wat betreft de in situ biologische afbraak van pesticiden in zowel de bodem als BPS-omgeving, in het bijzonder met betrekking tot de afbraak van linuron, chloorprofam en chloortoluron. Voor alle bestudeerde verbindingen werden tot nog toe onbekende afbrekers geïdentificeerd met behulp van het cultivatie-onafhankelijke DNA-SIP, terwijl de bias geassocieerd met klassieke aanrijkings en isolatiemethoden tot uiting kwamen. Ten slotte droeg dit proefschrift bij aan de schaarse kennis die beschikbaar is over de aanpassing van bacteriën aan pesticiden en de rol van het genetisch geheugen daarin. Deze informatie is belangrijk voor een beter begrip van het gedrag en lot van pesticiden in het milieu en van de onderliggende mechanismen van de biologische afbraak van pesticiden in bodems en in bioremediatiesystemen zoals BPS." "Moleculair Genetica en Biologie van Intermediaire Charcot-Marie-Tooth Neuropathie." "Vincent Timmerman" "Neurogenetica, Perifere Neuropathieën" "In dit FWO aspirant mandaat zoeken we naar nieuwe YARS mutaties geassocieerd met dominant intermediaire CMT (DI-CMT), dat van essentieel belang is voor het uitvoeren van genotype-fenotype correlaties. De ontwikkeling en karakterisering van een vliegmodel voor DI-CMT, waarin men dysfunctie van cellen en weefsels in vivo kan bestuderen, is van essentieel belang voor het bestuderen van de pathomechanismen. Het Drosophila YARS model voor intermediaire CMT zal ons toelaten na te gaan hoe DI-CMTC uitgelokt wordt en te screenen voor genetische en chemische modifiërende factoren. Daarbij vormt het ook een algemeen model voor perifere zenuwaandoeningen." "Structurele, moleculaire en cellulaire biologie van allosterische PKD2 modulatoren als nieuwe geneesmiddelen" "Arnout Voet" "Biochemie, Moleculaire en Structurele Biologie, Laboratorium voor Proteïne Fosforylatie en Proteomics" "Onlangs hebben wij via computer design allosterische, isoenzymspecifiekeremmers van proteïne kinase D2 (PKD2) ontwikkeld. Wehebben deze verbindingen gevalideerd als echt PKD2Isoenzymspecifiek, met veelbelovende eigenschappen tegenpancreaskanker, glioblastoma en multiple myeloma (3 zeer moeilijkte behandelen kankers). Hoewel we de verbindingen hebbenontworpen om een specifieke locatie in PKD2 te binden, is dekristalstructuur met de gedetailleerde moleculaire interacties nog nietopgelost. Daarom zullen we voor een rationeel ontwerp vanverbeterde remmers de structuur van de kinase-gebonden Allstarsoplossen. Dit zal een rationeel ontwerp van nieuwe chemotypesmogelijk maken, voor de toekomstige ontwikkeling van een tweedegeneratie Allstar-verbindingen.Deze verdere ontwikkeling zal gebeuren in iteratieve cycli van insilico-ontwerp> aankoop of synthese> enzymatische en cellulairetesten. De enzymatische en cellulaire testen bieden inzichten, nietalleen voor de verdere verfijning van de Allstars, maar ook i.v.m. hoePKD2 betrokken is in verschillende kankermechanismen. Bovendienzullen de meest veelbelovende Allstars, worden geanalyseerd op huneffect op tumorbiologie via 1) geavanceerde in vivo beeldvorming inmuismodellen, 2) single cel RNA-sequencing voor hun effect opsignaleringsroutes, en 3) Multiplex-eiwitkleuring van tumorstalen. Ditzal inzichten genereren op moleculaire en pathofysiologischeprocessen die worden beïnvloed door de Allstars in tumoren." "Gecontingenteerd ZAP-ambt in biomedische moleculaire biologie" "Geert van Loo" "Vakgroep Biomedische Moleculaire Biologie" "Het opnemen van een gecontingenteerd ZAP-ambt impliceert het privilege om zich gedurende een periode 5 jaar nagenoeg exclusief toe te leggen op onderzoeksactiviteiten, met een beperkte onderwijsopdracht van ten hoogste 8 studiepunten per semester, gemiddeld over 3 jaar.." "Moleculaire biologie van tyrosyl-tRNA synthetase (YARS) mutaties geassocieerd met perifere neuropathie." "Vincent Timmerman" "VIB CMN - Moleculaire Neurogenomica, Neurogenetica, Perifere Neuropathieën" "Het project heeft als doel een verband te leggen tussen de moleculair biologische functie van YARS en het behoud van het PZS in zowel de normale (wild type) toestand als bij ziekte (mutant). Tot op heden is het onduidelijk waarom mutaties in YARS, een gen met een algemene functie in proteïne synthese, kunnen leiden tot specifieke neurodegeneratie in CMT. Onze objectieven zijn: (i) bepalen en correleren van de in vitro en in vivo aminoacylatie activiteit van YARS met de perifere neuropathie in DI-CMTC, (ii) onderzoeken of YARS een signaalmolecule is in het PZS, (iii) opsporen van neuron-specifieke proteïne interacties om het celtype specifieke fenotype te kunnen verklaren, en (iv) genereren van een fruitvlieg model voor DI-CMTC voor het bestuderen van deze doelstellingen en het ontrafelen van het pathomechanisme." "Aankoop stoom autoclaaf centrale keuken vakgroep Biomedische Moleculaire Biologie" "Wim Declercq" "Vakgroep Inwendige ziekten en Pediatrie, Vakgroep Biochemie en Microbiologie, Vakgroep Biomedische Moleculaire Biologie" "Deze kredietaanvraag voor basisuitrusting betreft de aankoop van een stoomautoclaaf voor de centrale keuken van ons departement. Dit is een basisinstrument waarmee de algemene werking van een biochemisch-biomedisch laboratorium staat of valt. Deze autoclaaf wordt gebruikt om vloeistoffen (en glaswerk) te autoclaveren voor de onderzoeksgroepen van de vakgroepen WE14, WE10, WE02, GE01 die actief zijn in ons gebouw." "Moleculaire biologie van de steroidreceptoren" "Frank Claessens" "Laboratorium voor Moleculaire Endocrinologie" "De androgeen- en de glucocorticoidreceptoren (AR and GR) zijn zeer gelijkaardig kwa opbouw, alhoewel de fysiologische functies van de respectievelijke hormonen zeer uiteenlopend zijn. Beide receptoren zijn klinisch zeer belangrijke doelwitten. Informatie betreffende structuur en functioneren kunnen uitgewisseld worden tussen deze twee receptoren. We hebben nieuwe data over de dimerisatie van de AR ter hoogte van het DNA-bindind domein en het ligand-bindend domein, en anderzijds hebben we informatie over de werking van de GR als monomeer. We hebben deze onderzoeksgemeenschap opgericht om internationale expertise rond state-of-the-art technologieën, model organismen en klinische praktijk samen te brengen om deze onderzoekstopics zo snel tot translatie naar de kliniek te kunnen brengen. " "Basistoestellen voor moleculaire biologie in het kader van diergeneeskundig onderzoek" "An Martel" "Vakgroep Pathobiologie, Farmacologie en Bijzondere Dieren" "Moleculaire technieken zoals qPCR en PCR zijn essentiële tools in het onderzoek naar ziekten bij dieren. De aangevraagde onderzoeksuitrusting moet de aanwezige verouderde moleculaire unit vervangen en aanvullen. Deze basisuitrusting is noodzakelijk voor de dagelijkse werking van de onderzoeksprojecten van de aanvragers (vooral in het kader van infectieziekten bij dieren), alsook voor samenwerkingen met andere partners binnen en buiten UGent."