Titel Promotor Affiliaties "Korte inhoud" "De vroege embryonale functie van TET DNA-dioxygenases bij menselijke neurulatie en ziekte" "Kian Koh" "Stamcel- en Ontwikkelingsbiologie" "TET-enzymen verwijderen DNA-methylatie. Voorafgaand aan de activatie van neuronale genen, leidt verlies van Tet1 in het pre-gastrulatie epiblast tot ontregeling van hun chromatine toegankelijkheid en DNA-methylatie, wat leidt tot pre- en postnatale neurologische ontwikkelingsstoornissen. In dit project vertalen we deze resultaten van muis naar mens met in vitro differentiatie van humane embryonale stamcellen tot neuronale voorlopers en 3D organoïden. In deze culturen zullen we de veranderingen in gen expressie, chromatine toegankelijkheid, en DNA methylatie onderzoeken en zullen we hun afhankelijkheid van TET en co-factoren bepalen. Met high-throughput sequencing zullen we ontdekken hoe in het vroege leven downstream van TET of co-factor-deficiëntie, ziekte-gerelateerde genetische varianties of epigenetische ontregeling gerelateerd aan non-genetische factoren, of beide, de balans tussen ziekte en gezondheid wordt bepaald." "De bijdrage van TET-eiwitten tijdens globale DNA-demethylering in epigenetische herprogrammering en inductie van pluripotentie" "Kian Koh" "Stamcel- en Ontwikkelingsbiologie" "In zoogdiercellen wordt de genetische informatie gecodeerd in het DNA bedenkt met chemische markeringen, genaamd methylatie, gebruikt om gen-berichten uit te schakelen. Het verwijderen van deze markeringen is van cruciaal belang in embryonale- en kiemcellen om de ontwikkelingsklok te resetten. Bij het maken van geïnduceerde pluripotente stamcellen (iPSC’s) vind er een gelijkwaardig globaal verlies van DNA-methylatie plaats tijdens de laatste stadia, echter hoe dit de genexpressie beïnvloed is niet gekend. Hier bestuderen we een groep eiwitten met de naam TET, die DNA-methylatie verwijderen. Met muizen systemen onderzoeken we hoe cellen DNA-methylatie verliezen en hun identiteit veranderen in de laatste stadia van iPSC-vorming. Met nieuwe sequencing-technologieën proberen we te begrijpen hoe het proces waarmee DNA-regio’s opengaan en hoe aanpassingen aan DNA-geassocieerde eiwitten, genaamd histonen, genen in- of uitschakelen, en hoe deze veranderingen de binding en activiteit van TET beïnvloeden." "De bijdrage van TET DNA-dioxygenases tijdens wereldwijde DNA-demethylering bij epigenetische herprogrammering en pluripotentie-inductie." "Kian Koh" "Stamcel- en Ontwikkelingsbiologie" "In zoogdiercellen wordt de genetische informatie die in het DNA is gecodeerd, bedekt met chemische markeringen die methylering worden genoemd, vaak om genberichten uit te schakelen. Het wijdverbreid verwijderen van deze sporen is van cruciaal belang in embryonale cellen en geslachtscellen om de klok van de ontwikkelingscyclus opnieuw in te stellen. Evenzo omvatten experimentele methoden om volwassen cellen om te zetten in embryonale cellen, geïnduceerde pluripotente stamcellen (iPSC's) genoemd, een globaal verlies van DNA-methylatie in de laatste stadia, maar hoe dat de genexpressie beïnvloedt, wordt niet begrepen. Hier bestuderen we een klasse eiwitten genaamd TET die DNA-methylering verwijdert. Met behulp van muisweefsel onderzoeken we hoe cellen DNA-methylatie verliezen in de laatste stappen om iPSC's te worden. In deze cellen gebruiken we nieuwe sequentietechnologieën om het proces te begrijpen waarmee DNA-regio's openen en nauw geassocieerde eiwitten in status veranderen om genactivering of uitschakeling te weerspiegelen. Door dit te doen, willen we nieuwe manieren leren waarop genen worden gecontroleerd wanneer er wereldwijd verlies van DNA-methylatie is. We zullen ontdekken in hoeverre TET-eiwitten actief DNA-methylatie verwijderen en genexpressie beïnvloeden in de laatste stappen van iPSC-vorming. Ten slotte vragen we of het volledig inschakelen van TET1 in menselijke PSC's hun kwaliteit en veiligheid voor onderzoek en klinische toepassingen zal verbeteren."