Projecten
Single-molecule long-read sequencing voor analyse met hoge resolutie en comparative genomics van de klinische Clostridioides difficile ECDC / Leeds-Leiden referentiecollectie Universiteit Antwerpen
Optische Genoom Mapping en long-read sequencing in lymfomen KU Leuven
Non-Hodgkin Lymfoom is een veel voorkomende hematologische maligniteit. Het is een heterogene ziekte die geclassificeerd kan worden in meer dan 60 verschillende entiteiten op basis van morfologie, immunofenotype en klinische karakteristieken. Genetische data wordt meer en meer geïntegreerd bij de classificatie van NHL, wat de diagnose bevordert en belangrijke voorspellende biomarkers voorziet. Dit laat aangepaste therapieën toe. Deze ...
Ontwikkeling van een nieuwe test om het HIV-1 reservoir te karakteriseren met behulp van long-read sequencing Universiteit Gent
Humaan Immunodeficiëntie Virus (HIV) is in staat om ons immuunsysteem te infecteren en kan leiden tot AIDS. De huidige behandelingen kunnen de voortgang van de HIV-infectie stoppen maar bieden geen volledige genezing aangezien steeds een kleine fractie inactief HIV buiten het bereik van de medicatie blijft, het zogenaamde ‘latente reservoir’. Indien een behandeling wordt onderbroken, kan hierdoor al binnen enkele weken een rebound van de ...
Implementatie van long-read metagenomische sequencing in precisiegeneeskunde en antibioticabeleid bij acute luchtweginfecties. Universiteit Antwerpen
Nauwkeurigere detectie van biomerkers predictief voor kanker immuuntherapie respons met een Nanopore Long-read- gebasseerde sequencing technologie KU Leuven
De laatste jaren heeft immunotherapie (met name de immuun checkpoint inhibitoren) een opmerkelijk klinisch succes geboekt voor de behandeling van verschillende kankertypes. Genetische schade, de expressie van retrovirale elementen die zich in ons DNA inegreerden en het aantal cytotoxische T cellen in de tumor zijn mechanismen die aan de basis om het immuunsysteem de kanker te laten herkennen en af te breken. Om deze echter aan te wenden als ...
Zeer nauwkeurige long-read amplicon-sequencing voor stamniveau-analyses van microbiële opeenvolging tijdens kolonisatie van de menselijke darm. Universiteit Gent
De afgelopen decennia is gebleken dat bacteriële gemeenschappen op en in het lichaam een enorme impact hebben op de gezondheid en het welzijn van de mens. Ondanks onze sterk toegenomen kennis over het humaan darmmicrobioom, is er nog weinig geweten over de kolonisatie van de darm door microbiële stammen. Kennis van de opeenvolging van verschillende bacteriële soorten en families zou kunnen leiden tot adequatere behandelingen van ziekten die ...
FTLD-FUS verklaren door internationale samenwerking en het toepassen van long-read sequentie technieken. Universiteit Antwerpen
Mariene biodiversiteit multi-omica: optimalisatie van bioinformatische pijplijnen en long-read sequentie bepaling KU Leuven
De mariene biodiversiteit is immens en de laatste gegevens openbaren een nieuwe wereld van tot nu toe ongekende functies en dynamieken. Bovendien speelt biodiversiteit een voorname rol in het begrijpen van global change (vooral de overexploitatie van levende hulpbronnen, het verlies aan habitat en klimaatverandering). Technologische ontwikkelingen zoals autonome robotten voor terreintoepassingen en hoog-debiet sequentiebepaling hebben in ...
Richting volledige dsDNA virus genomen: Derde-generatie sequencing en herpesvirussen diversiteit KU Leuven
Humaan cytomegalovirus (HCMV), het prototype van de herpesvirus-subfamilie Betaherpesvirinae is een alomtegenwoordig virus met seroprevalenties variërend van 45 tot 100% bij volwassenen [1]. Primaire infecties bij gezonde kinderen en volwassenen zijn meestal asymptomatisch, maar het virus veroorzaakt een levenslange persistentie en latente infectie, van waaruit het kan worden gereactiveerd en het nageslacht infecteren[2]. HCMV kan ernstige ...