Projecten
Integratie van ruimtelijke heterogeniteit met temporele en demografische inferentie, met als applicatie het bestrijden van hondsdolheid bij mensen KU Leuven
Genoomanalyses zijn essentieel voor het bestuderen van de evolutie en verspreiding van pathogenen, en ruimtelijke diffusie modellen vormen een belangrijke hoeksteen voor het onderzoeksdomein van de fylogeografie, waarin fylogenetische bomen geannoteerd worden met de (ancestrale) locaties van staalname. De huidige diffusiemodellen zijn echter vrij eenvoudig en houden geen rekening met omgevingskenmerken. In dit onderzoeksvoorstel wensen we ...
Global spread and transmission dynamics of Mycobacterium ulcerans Instituut voor Tropische Geneeskunde
Inter- en intracommunautaire dynamiek van SARS-CoV-2-verspreiding door een combinatie van sequentiebepaling van het viraal genoom en fylodynamische analyse Universiteit Gent
Sinds de introductie van SARS-CoV-2 heeft het virus zich zeer snel verspreid en heeft het over de hele wereld ernstige respiratoire pathologie veroorzaakt. Binnen korte tijd volgde een pandemie. Het virus is afkomstig van een zoönotische gebeurtenis, waarbij waarschijnlijk een vleermuis of zelfs een schubdier het virus droeg en een mens infecteerde door overdracht van dier op mens. Dit betekent dat het virus nog steeds op zoek is naar een ...
Inter- en intracommunautaire dynamiek van SARS-CoV-2- verspreiding door een combinatie van sequentiebepaling van het viraal genoom en fylodynamische analyse KU Leuven
Sinds de introductie van SARS-CoV-2, verspreidt het virus zich zeer
snel en heeft het wereldwijd ernstige respiratoire pathologie veroorzaakt. Het virus is afkomstig
van een zoönotische overdracht van dier naar mens, waarbij waarschijnlijk een vleermuis of zelfs
een schubdier het virus droeg en een mens infecteerde. Dit betekent dat het virus zich nog steeds
aanpast aan zijn nieuwe gastheer, de mens. Dit wordt ...
Statistische en computationele benaderingen om real-time phylodynamische inferentie mogelijk te maken KU Leuven
Tijdens uitbraken van besmettelijke ziekten worden grotere hoeveelheden genoomsequenties van pathogenen gegenereerd, in die mate dat huidige computationele raamwerken – zoals dat van de fylodynamische inferentie – moeite hebben om de data op tijd te verwerken. Dit project beoogt de ontwikkeling van statistische en computationele methoden om tijdig epidemiologische en evolutionaire informatie te schatten uit de beschikbare genoomdata. De ...
Evolutie en gevolgen voor de gezondheid van fijnschalige substructuren in menselijke populaties. KU Leuven
Hoe nauw zijn we verbonden met andere mensen uit onze geboortestad? Hoe is de onderlinge verbondenheid van onze ouders van invloed op onze gezondheid? Dit project maakt gebruik van genoom-brede gegevens van Europese populaties om de populatiesubstructuur en de assortimentskoppelingspatronen te bestuderen om hun effect op de accumulatie van schadelijke varianten en hun effect op de fitheid te schatten. In dit werk zullen zowel oude als moderne ...
Statistische en computationele methoden voor fylodynamische inferentie in reële tijd KU Leuven
De drastisch toegenomen hoeveelheden gen- en genoomsequenties voor de meest voorkomende besmettelijke ziektes hebben ervoor gezorgd dat de grenzen van huidige computationale analyses, zoals fylogenetische inferentie, continu opgezocht worden. Dit project beoogt de ontwikkeling van statistische en computationele methoden om op een efficiënte manier epidemiologische en evolutionaire informatie te bepalen uit genoomsequenties van pathogenen ...
Het bepalen van de conservatiestatus van genetische bronnen van wilde bananen aan de hand van populatiegenetica en het modelleren van soortenverspreidingen KU Leuven
Wilde planten verwant aan landbouwgewassen hebben vaak een hoge diversiteit in allelen in vergelijking met het gewas waaraan ze gerelateerd zijn. Hierdoor vormen ze een belangrijke bron voor de verbetering van agronomische kenmerken zoals opbrengst of een hogere resistentie tegen zowel biotische als abiotische factoren. De achteruitgang van genetische diversiteit door de toenemende druk van de mens bedreigt nu het voortbestaan van vele van ...