Projecten
Combineren van CRISPR screening en single-cell RNA sequencing voor het ontrafelen van de mechanismen van T-cel acute lymfatische leukemie KU Leuven
Het doel van dit project is het gebruiken van een CRISPR/Cas9 inactivatie screen van 83 genen die recurrent geïnactiveerd zijn in T-cel acute lymfatische leukemie (T-ALL). Deze screen zal uitgevoerd worden in combinatie met single-cell RNA-sequencing, zodat het effect op genexpressie gebruikt kan worden al read-out voor de screen.
In het eerste deel zal de impact onderzocht worden van enkelvoudige gen perturbaties op de cellulaire ...
Verbeterde karakteristering van het genetische risico van de ziekte van Alzheimer door middel van fine-mapping en long-read sequencing van DNA en single-nuclei RNA. Universiteit Antwerpen
Onderzoeksmanager om single cel omics activiteiten te introduceren. KU Leuven
Onze kennis over het genoom, epigenoom en transcriptoom werd tot nog toe vooral verkregen uit de analyse van duizenden cellen tegelijk. Dergelijke analysen zijn echter gemiddelden en vlakken de karakteristieken van individuële cellen uit. De mogelijkheid om individuële cellen te sequeneren veroorzaakt een revolutie in ons fundamenteel inzicht in de normale ontwikkeling, veroudering en ziekte.Het is deze omwenteling die aan de basis ligt van ...
Integratie van lange read en unieke cell multi-omics sequenering voor de identificatie van genetische variatie in de ziekte van Parkinson KU Leuven
De ontwikkeling van ‘omics technologieën is de laatste jaren in een nieuwe stroomversnelling gekomen. We beschikken sinds kort namelijk over de mogelijkheid om unieke lange DNA en RNA moleculen met hoge accuraatheid uit te lezen. Deze lange “reads” staan ons toe om complete humane genomen de novo te assembleren (wat het humaan genoom project twee decennia kostte) en complexe genomische regios en structurele variatie te bestuderen, hetgeen ...
Predictieve genetische merkers voor gerichte therapie bij gynaecologische tumoren: van een standaard naar meer gepersonaliseerde behandelingsaanpak. KU Leuven
De diversiteit en integratie van cel types in het ontwikkelende octopus brein KU Leuven
Cephalopoda zoals de octopus, pijlinktvis en de zeekat zijn weekdieren. In tegenstelling tot andere weekdieren met vrij eenvoudige zenuwstelsels, hebben de Cephalopoda grote en gecentraliseerde zenuwstelsels ontwikkeld. De hersenen van de octopus hebben een gelijkaardig aantal zenuwcellen als dat van een kleine primaat en zijn anatomisch gezien even complex als de hersenen van gewervelde dieren. Hoe octopussen zo een groot en complex brein ...
Software ontwikkeling voor ontdekking en prioritizering van genen belangrijk voor plant-eigenschappen op basis van single-cell moleculaire profilering. Universiteit Gent
Het grote succes van single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) in de levenswetenschappen toont aan dat het de resolutie van gen expressie bepaling, van weefsel tot cel, revolutionair verhoogt. Waar in het medisch onderzoek deze technologie volledig operationeel is, is voor planten bijkomende technologie optimalisatie vereist. In het UGent/VIB departement van Planten Biotechnologie en Bioinformatica werd een single-cell platform opgericht voor ...
Ribosoomdefecten bij kanker. KU Leuven
Transformatie van een gezonde cel in een kankercel wordt veroorzaakt door accumulatie van defecten in vitale cellulaire eiwitten die de celcyclus, apoptose en respons op groeisignalen reguleren. Bij het bestuderen van T-cel leukemie ontdekten we dat kankercellen ook defecten kunnen krijgen in eiwitten van het ribosoom, het eiwitcomplex dat mRNA omzet in eiwitten. We vermoeden dat somatische ribosoomdefecten niet beperkt blijven tot T-cel ...