Vanaf nu vind je ook actuele onderzoeksinformatie van VIB op het FRIS Onderzoekportaal!
Het Vlaams Instituut voor Biotechnologie (VIB) is het eerste strategische onderzoekscentrum dat op een geautomatiseerde manier onderzoeksinformatie aanlevert aan het FRIS Onderzoeksportaal. Dit is de vrucht van intensieve samenwerking tussen medewerkers van VIB en het Departement EWI. Doordat de informatie nu direct doorstroomt, kan je de meest actuele gegevens via FRIS raadplegen: maar liefst 1458 onderzoekers, 153 organisaties, 452 projecten, 4853 publicaties en 274 octrooien. Dit is uiteraard nog maar een begin. In de toekomst zullen deze aantallen nog flink uitbreiden. “Deze vlotte automatisatie is mede te danken aan VIB’s matuur datawarehouse met bestaande metadata op verschillende niveau’s. VIB wenst op die manier bij te dragen aan de Open Science missie van de Vlaamse Regering en Europa” stelt VIB.
Onderzoeker in de kijker
Aline Verstraeten is BOF onderzoeksprofessor aan de Universiteit Antwerpen en heeft onlangs een ERC Starting Grant (BREAK-OUT) verworven voor haar onderzoek naar aortopathie. Raadpleeg hier haar FRIS-profiel.
Het academisch traject van Aline Verstraeten begon in 2010, toen ze aan een doctoraat begon over de genetica van de ziekte van Parkinson in het labo van Prof. Christine Van Broeckhoven aan de Universiteit Antwerpen. Na voltooiing van haar doctoraat verhuisde ze naar het Cardiogenomics lab van Prof. Bart Loeys, waar ze de eerder verworven high-throughput DNA sequencing (d.w.z., whole exome/genome sequencing) expertise toepaste op het gebied van thoracale aorta aneurysma en dissectie, een ‘stille moordenaar’ gekenmerkt door progressieve vergroting en, uiteindelijk, scheuring van de grootste slagader van het menselijk lichaam. Na verloop van tijd verschoof haar interesse steeds meer naar het ophelderen van de downstream moleculaire gevolgen van thoracale aorta aneurysma en dissectie-veroorzakende DNA defecten met behulp van RNA-sequencing benaderingen in muis- en menselijke stamcel-afgeleide celmodellen. Onderzoeksverblijven aan de Johns Hopkins University (VS) en de Freie Universität Berlin (Duitsland) vonden plaats om relevante expertise in deze onderwerpen te verwerven. Sinds 2019 is Aline Verstraeten aangesteld als docent aan de Universiteit Antwerpen, waar ze aan het hoofd staat van het team 'Functional Genomics in Cardiovascular and Connective Tissue Diseases'. De groep heeft lopende onderzoekslijnen naar vooral aneurysmata, maar ook naar skeletdysplasie, een klinisch ongelijke maar moleculair opmerkelijk gelijkaardige aandoening.
Het uiteindelijke doel van het onderzoek van het team is om bij te dragen aan de ontwikkeling van nieuwe medische behandelingen voor de betreffende ziektebeelden. Om dit doel te bereiken, moeten inzichten in de ziektemechanismen worden verkregen door een grondige vergelijking van de moleculaire processen tussen de ziekte en de gezonde situatie in fysiologisch relevante modelsystemen (bijv. organismen, weefsels, cellen, enz.). In het geval van aorta-aneurysma's kunnen stalen van de aorta van patiënten in een laat stadium worden verkregen na een preventieve operatie. Het verzamelen van stalen van patiënten of gezonde aorta's in een vroeg stadium ligt echter grotendeels buiten bereik, wat een efficiënt gebruik van chirurgische aortastalen voor preklinisch onderzoek naar thoracale aorta-aneurysma's en dissecties bemoeilijkt. Aline Verstraeten gebruikt momenteel vooral muismodellen als alternatief, omdat muizen een vasculair systeem hebben dat sterk lijkt op dat van de mens en omdat is aangetoond dat ze de menselijke aneurysmatische situatie vrij goed nabootsen. Momenteel gebruikt het team muizen om de celtypespecifieke processen te onderzoeken die ten grondslag liggen aan IPO8-gerelateerde aortopathie, een mechanistisch ongrijpbaar vroeg-onset aorta-aneurysmasyndroom dat in 2021 voor het eerst werd beschreven door het laboratorium van Verstraeten. Omdat muizen onvermijdelijk verschillen van mensen, wat soms de vertaling van pathofysiologische bevindingen naar de menselijke situatie bemoeilijkt, ontwikkelt Aline Verstraeten parallel menselijke aorta-op-een-chip modellen van patiënten en controles. Na bloedafname worden stamcellen aangemaakt die gedifferentieerd worden in de verschillende celtypen waaruit de aortawand bestaat. Deze cellen worden gekweekt in een gelaagde buisstructuur in een microfluïdische chip, waardoor mechanistisch onderzoek en medicijntesten voor aneurysmatische aandoeningen mogelijk worden in miniatuur aorta's van patiënten en controles die in het laboratorium zijn gemaakt. Voor haar aortopathieonderzoek heeft Aline Verstraeten onlangs een ERC Starting Grant (BREAK-OUT) verworven.
Vlaamse Onderzoekdiscipline Standaard
Op 9 april 2019 schakelde het FRIS Onderzoeksportaal over van de FRIS onderzoeksdisciplines naar de Vlaamse Onderzoeksdiscipline Standaard. De Vlaamse Onderzoeksdiscipline Standaard, ontwikkeld door het Expertisecentrum Onderzoek en Ontwikkelingsmonitoring (ECOOM) in opdracht van de Vlaamse Overheid, is een hiërarchische en semantisch verrijkte classificatielijst voor onderzoeksdisciplines. De Vlaamse Onderzoeksdiscipline Standaard vervangt de talrijke classificatielijsten voor onderzoeksdisciplines die de afgelopen jaren in Vlaanderen gehanteerd werden en wordt als standaard door tal van gebruikers (FRIS, FWO, VLIR, …) en stakeholders (universiteiten, hogescholen, wetenschappelijke instellingen, ...) in Vlaanderen geïmplementeerd. De Vlaamse Onderzoeksdiscipline Standaard is uniek omdat deze classificatielijst wereldwijd de meest granulaire classificatie van onderzoeksdisciplines toelaat en bovendien elke discipline voorziet van een definitie die de grenzen van elke discipline semantisch afbakent. Lees meer...
Open data
De Vlaamse overheid is al lang een voortrekker inzake Open Data en maakt met FRIS nu ook gegevens over het wetenschappelijk onder zoek voor iedereen toegankelijk. Met het vrij beschikbaar stellen van deze data kiezen we resoluut voor transparantie en kunnen ondernemingen economische meerwaarde realiseren. Vanaf nu kan dus ook iedereen vrij aan de slag met de data over het publiek gefinancierd onderzoek in Vlaanderen. De ‘open data’ zijn beschikbaar via het FRIS Onderzoeksportaal en via open API's. Verdere beschrijving van de FRIS services vind je hier. Het FRIS_Vademecum biedt een overzicht van het FRIS datamodel, de gebruikte attributen en de afgesproken business rules. In de FRIS Integration Guide kom je alles te weten over het uitwisselformaat voor aanlevering aan FRIS. Dit strookt grotendeels met het standaard CERIF formaat (versie 1.5) omwille van interoperabiliteit, maar wijkt hier op bepaalde plaatsen van af. Verdere vragen? Neem gerust contact op via ons contactformulier.