Intra-host evolutie van Lassa virus in acute infectie en virus persistentie

Lassa virus (LASV) is een endemisch virus in West Afrika dat elk jaar honderdduizenden infecteert. Mensen worden hoofdzakelijk besmet door contact met knaagdieren van het genus Mastomys die virus uitscheiden via urine en faeces. Ongeveer 80% van de infecties blijven asymptomatisch, maar 1 op 5 LASV infecties resulteren in een acute virale hemorragische ziekte. Er bestaat geen effectieve behandeling of vaccin en er is weinig gekend omtrent de
determinanten van ziekteprogressie. Het is ook onduidelijk in welke mate LASV kan persisteren in overlevenden. In dit project willen we de rol van LASV intrahost evolutie in ziekte en persistentie bepalen.
In samenwerking met het Bernhard-Nocht Instituut voor Tropische Geneeskunde gaan we gebruik maken de staalname van twee lopende studies in Nigeria die patienten monitoren in het hospitaal en
op lange termijn daarna. Dit laatste bracht heel wat persitentie aan het licht, vooral in semen stalen. We gaan diepe sequentie data over het volledige genoom genereren voor meerdere tijdspunten bij patienten die sterven en patienten die overleven met verschillende graden aan persistentie. Met deze data zullen we de intrahost evolutionaire dynamica ontrafelen met inbegrip de rol van immune escape in LASV infecties.