Functionele genomica voor opkomende infectieziekten

De focus van mijn voorgestelde onderzoek ligt op de ecologie van opkomende zoönotische virussen, zowel in hun natuurlijke als doodlopende gastheercontext. Ik stel voor om de klinische relevantie van deze virussen voor, en de genetische gevoeligheid van hun gastheer te onderzoeken, en om de mechanismen te onderzoeken,te bepalen en te voorspellen van het vermogen van deze reservoir-gedragen virussen om van gastheer te wisselen, evenals hun pathogene potentieel. Om deze doelen te bereiken, ben ik bezig met het afronden van een geoptimaliseerd protocol om volledige DNA- en RNA-virusgenomen te isoleren van verschillende soorten monsters om zowel de Illumina- als de Oxford Nanopore MinION-sequencingplatforms te gebruiken.
De focus van mijn voorgestelde onderzoek ligt op de ecologie van opkomende zoönotische virussen, zowel in hun natuurlijke als doodlopende gastheercontext. Ik stel voor om de klinische relevantie van deze virussen voor en de genetische gevoeligheid van hun gastheer te onderzoeken, en om de mechanismen te onderzoeken en te voorspellen die het vermogen van deze reservoir-gedragen virussen om van gastheer te wisselen bepalen, evenals hun pathogene potentieel. Om deze doelen te bereiken, ben ik bezig met het afronden van een geoptimaliseerd protocol om volledige DNA- en RNA-virusgenomen te isoleren van verschillende soorten monsters om zowel de Illumina- als de Oxford Nanopore MinION-sequencingplatforms te gebruiken.
Deze procedure zal worden gebruikt om (i) de virosfeer bij knaagdieren, insecteneters en hematofage geleedpotigen te bestuderen en (ii) DNA-profilering uit te voeren van geïnfecteerde patiënten met verschillende klinische resultaten. Ik zal filovirus- en hantavirus-geïnfecteerde patiënten gebruiken als case study. Daarnaast streef ik ernaar (iii) functionele genomica uit te voeren op nieuw ontdekte virussen om mogelijke pathogeniteit te beoordelen en (iv) specifieke antivirale screeningassays te ontwikkelen en te optimaliseren die kunnen worden gebruikt voor high-throughput screening.