Machine learning voor het ontdekken van kleine peptiden en functieannotatie

Onderzoek naar bacteriële virussen of bacteriofagen heeft een belangrijke rol gespeeld in de moderne moleculaire biologie en de ontwikkeling van talrijke biotechnologische instrumenten, waaronder het CRISPR-Cas systeem. Dankzij de vooruitgang in sequentietechnologie is er een aanzienlijke groei in het aantal beschikbare faaggenomen, vooral voor fagen die bacteriële pathogenen zoals Pseudomonas aeruginosa infecteren. Echter, ondanks de vele toepassingen, blijft tot 70% van de faagproteomen ongeannoteerd. Recente studies suggereren dat dit percentage zelfs hoger kan zijn, aangezien huidige genannotatietools vaak kleine peptidegenen over het hoofd zien die talrijk aanwezig zijn in faaggenomen. In dit project streven we ernaar om deze faagpeptiden te ontdekken en functioneel te annoteren met behulp van machine learning technieken en de nieuwste methoden in proteomics en bio-informatica. Ons doel is om deze onbekende genen te beschrijven, wat niet alleen fundamentele inzichten kan opleveren, maar ook nieuwe antimicrobiële en biotechnologische toepassingen kan inspireren.