BOF Sabbatsverlof 2024 - P. Ponsaerts.

Het onderzoeksteam van prof. Peter Ponsaerts binnen het Laboratorium voor Experimentele Hematologie (Universiteit Antwerpen, UA) heeft de afgelopen 5 jaar meerdere 2D en 3D muis en humane iPSC-afgeleide neuro-immuun celcultuurmodellen ontwikkeld (bestaande uit neuronen, astrocyten, macrofagen en microglia), met een specifieke focus op ontstekingsreacties, virale infectie, beroerte en de ziekte van Parkinson. Bij het opstellen van deze modellen heeft het onderzoeksteam van prof. Peter Ponsaerts reeds standaard cytokinebepaling, immunocytochemie (ICC) en bulk-RNASeq- analyses geïmplementeerd voor karakterisering van celtypes en cellulaire reacties op ontsteking, trauma of infectie. Desalniettemin is er een grote nood om hun experimentele toolbox uit te breiden ter verdere karakterisering van 2D- en 3D-neuro-immuun celcultuurmodellen. De beoogde onderzoekssabbatical in het "Mass Spectrometry Lab" van de "Analytical Biochemistry and Proteomics Research Unit" van het "Center for Advanced Studies and Technology (CAST)" aan de "University G. d'Annunzio" in Chieti-Pescara in Italië beoogt twee educatieve (E) en twee wetenschappelijke (S) actiepunten: (E1) Het aanleren van de basisprincipes van hooggevoelige proteomics en metabolomics (inclusief metallomics en lipidomics) analyses met behulp van state-ofthe- art massaspectrometrische instrumenten en methoden. (E2) Het gebruik van MaxQuant, Perseus, Ingenuity Pathways Analysis (IPA) en MetaboAnalyst-software leren en toepassen voor omicsgegevensanalyse. (S1) Een longitudinale proteomics- en metabolomics-studie uitvoeren op humane iPSC-afgeleide bi- en tripartiete neurosferoïden tijdens ontwikkeling en maturatie. (S2) Een proteomics- en metabolomics-studie uitvoeren op hiPSC-afgeleide bi- en tripartiete neurosferoïden na virale infectie, hypoxische/hypoglycemische stress (beroerte) en de ziekte van Parkinson (PD). Na de voltooiing van deze onderzoekssabbatical zal prof. Peter Ponsaerts zal niet alleen de nodige bioinformaticavaardigheden hebben verworven om proteomics-gegevens te analyseren, maar zal ook in staat zijn om nieuwe proteomics- en metabolomics-gegevens te integreren met scRNA-Seq, ICC en elektrofysiologische analyses uitgevoerd door zijn onderzoeksteam aan de UA, binnen huidige en toekomstige onderzoeksprojecten.

Trefwoorden:HERSENORGANOÏDEN, STAMCELBIOLOGIE, MASSASPECTROMETRIE, BIO-INFORMATICA

Disciplines:Bio-informatica data-integratie en netwerkbiologie, Spectrometrie